和珅在军机处任职20余年，利用手中的权力对军机处做了大量的调整，等到后来和珅倒台，早已将很多政策融入其中，难以分辨了。
洪亮吉就曾经说过：“十余年来，其更变祖宗之成例，汲行一己私人，犹未尝平心而论，内阁、六部各衙门庶务，何为国家之成法，何为和珅所更张，谁为国家自用之人，谁为和珅所引进，以及随同受贿舞弊之人，皇上纵极仁慈，纵欲宽胁从，又因人数甚广，亦不能一切屏除。”
嘉庆赐死和珅后，虽然有心彻查其党羽，但终因人数过多，法不责众，只好作罢。和珅之所以能做到这一点，首先是因为他改变了过去军机处章京人数均有定额的做法，而是规定，“其挑补俱由军机大臣自取，并不带领引见”，这样一来，军机处的人事任免权就从皇帝手中转移到了和珅手中。从此可以不经过皇帝就决定人选。这就有利于和珅排挤与自己不和的人。和珅利用这一机会，将军机处中绝大部分不依附于他的人撤职或调出，肆意安插党羽，使偌大的一个军机处完全成了和珅的会议室，使他有机会搞“一言堂”。
和珅还对传统的台谏制度做了变更。在中国传统的官僚体制中，因为制度建设的松散和不健全，主要还是由官员进行“人治”。而弹性极大的“人治”是缺乏有效的监督机制的。为了弥补这一缺陷，才设立了所谓的“谏官”制度。谏官起源于汉朝的“御史台”，所以又称“台谏”之官。谏官的主要任务就是负责监督各级官员的行为和操守，有权直接向皇帝上书报告官员的行为或弹劾官员，而且可以仅凭“风闻”即采取行动，意在引起皇帝的重视。
这一职位大多选用清正耿直之士来担任。而和珅以年轻官员办事不如老年官员持重，多为无稽之谈为由，规定谏官只能任用60岁以上的人员。其实他这是一种变相的削权，试想人到了老眼昏花的年纪，既没有年轻人的锐气，也早已半截黄土盖身，离告老还乡的日子不远了，谁还肯为了得罪其他官员而毁掉自己的晚年？所以，自从执行这个规定后，台谏官员大多缄口无言，对那些不轨行为也是睁一只眼闭一只眼，形同虚设。
在军事方面，和珅也手握重权，他除了担任正蓝旗、镶黄旗、正黄旗、正白旗、镶蓝旗的副都统、都统之外，还曾兼任过兵部尚书，掌握过整个国家的兵权。乾隆后期，甘肃农民起义，和珅曾作为钦差大臣前去督军，后来台湾起义，又是和珅向乾隆举荐福康安任主帅征讨台湾，而且整个用兵的粮饷、后勤也多是由和珅安排的。
和珅在制度上变更最为重要的是议罪银制度的设立。这项制度自乾隆四十五年（1780年）左右开始设立，一直延续到乾隆逝世才告终止，其间大约经历了20年。议罪银由和珅在军机处内部设立的密记处加以管理，收取的银两绝大部分不用归入国库，如果官员犯了过失“尚非法所难宥，是以酌量议罪，用示薄惩”。也就是官员交纳银两以代罪的制度。然而，实际操作过程中，正所谓“欲加之罪，何患无辞”，只要皇帝需要银两了，可以很容易地寻找缘由，叫官员出钱。因为议罪银采取的是“自愿”交纳的形式，有一些贪赃枉法的官员，为了表明自己的忠心，也为了日后减少麻烦，未雨绸缪，常常不等上面降罪就先交上银两，而且从重交纳，以博取皇上欢心。据记载，仅议罪银一项，乾隆每年的收入就可达30万两左右。