当然，只盼着有靠山而自己并无特点的人是无法在官场长期立足的。李侍尧确实是位能人，其才干尽人皆知。但时间久了自然难免沾染当时官场上的种种恶习、陋规。更兼滋生了骄、娇二气，逐渐鼻孔朝天、颐指气使，轻易不把别人放在眼里。后来和珅逐渐成势，众大臣趋之若鹜；而李侍尧仗着资格老，地位高，不把和珅放在眼里，经常在言语行动上对和珅不尊重，于是就得罪了和珅。因此，和珅也总想找机会整一整他。
李侍尧也确实存在贪赃、受贿、索贿、侵吞、勒派等一系列问题，加上乾隆帝早已知道李侍尧借筹办贡品为名，借机营私肥己。因此，乾隆派当时正在随銮南巡的户部右侍郎和珅与刑部侍郎喀宁阿为钦差大臣，迅速赶往贵州、云南。与此同时，乾隆帝又谕令在京师的户部尚书英廉，在正月二十七日，率人查抄了李侍尧在京的家产。
和珅、喀宁阿等人一路马不停蹄地赶到了昆明府。首先把李侍尧的管家张永受拘捕起来，连夜严加审讯，最终供出了李侍尧收受各级地方官员馈送的贪污营私的有关事情。三月初七日，和珅与喀宁阿查审李侍尧，在事实面前，李侍尧不得不俯首认罪，承认收取迤南道庄肇白银2000两，收取鲁甸通判素尔方阿总共白银8000两，收取东川知府张珑白银4000两，收取云南按察使汪圻白银5000两，收取临安知府德起总共白银10000两，并承认借查办案件之机中饱私囊。
乾隆帝对于李侍尧的贪污行为十分生气，他在上谕中说：“侍尧身为大学士，历任总督，负恩婪索，朕梦想不到，夺官，逮诣京师。”和珅、喀宁阿奉命将李侍尧革职拿问，解送京师，落实罪名后，和珅等人拟判其“斩监候，夺其爵授予其弟奉尧。”
和珅之所以判其“监斩候”，是因为他深知李侍尧所为，是与乾隆朝鼓励地方官员进贡的制度分不开的，况且李侍尧论才干最能干，论进献他进献得最多，皇帝自然喜欢，所以不能惩治太重。为了警告其他地方官不要做得太过，也需要做做样子。乾隆帝最终还是要网开一面，给他留一条生路，所以和珅才这样宣判的，但是其他人就不这么想了，和珅将判决结果呈上后便是大学士、九卿等和议，结果是将原拟“斩监候”改判为“斩立决”。
最后，乾隆帝发布上谕，其意十分明显，就是要放过李侍尧。虽然大多数督抚都同意判李侍尧斩决，但有少数人揣摩到乾隆帝的意图，因此上奏为李侍尧求情。最终，乾隆帝下诏定为“斩监候”；同时决定把查抄的李侍尧的家产部分留在宫中，其余送至崇文门税关变卖，所得银两悉数交给内务府广储司库收存；并将李侍尧的一处院子赏赐给和珅。
对于李侍尧一案的处理不但显示了和珅的办事才能，而且也显示了和珅阅读圣意，揣测别人心理的能力。从此乾隆帝对他更加宠信，两人的关系也更加密切，在仕途上和珅进一步飞黄腾达了。
军机处官场历险