战略调整后，徐冠巨指导传化农业团队深入调研，研究从哪一方面切入农业产业化。现代农业不能靠天吃饭，必须依靠科技工具，改变农民的传统种植观念，用标准化替代粗放式家庭种植。但我国幅员辽阔，想做到农业标准化挑战极大，不同地区有不同的气候和土壤条件，现实情况比想象中更为复杂。
面对迷茫的团队，徐冠巨提出“聚焦再聚焦”的发展思路。“按照徐总的思路去考虑，得先从宏观看一下，确定一个块，然后再确定一个点去撬动，这个方法到现在为止对我很有用。”传化生物技术有限公司总经理倪惠珠说。团队战略性放弃粮棉油、畜牧养殖等大农业领域，聚焦锁定细分领域，努力从种子、种苗、中高档花卉等领域中寻找突破点。“前面的3～4年，我们都在摸索。但董事长领悟力很强、直觉很敏锐，他告诉我们要为农民提供利他的产品和服务，分析农民缺什么。”
于是，传化联合科研院所、业内专家学者奔赴浙江省主要蔬菜瓜果、花卉产区进一步调研，并积极与东南亚以及荷兰、以色列、美国等国家的农业学者交流，学习国外成熟经验，共同寻找突破口。通过梳理供应链上的各个环节，团队从农民、市场、用户各自缺少的要素出发，分析认为：中国农民缺少优质种源、技术体系以及对未来市场的分析判断。针对这些需求，传化农业开始搭建平台，建立以“园区 合作社 基地 农户”的商业模式。上游提升科技含量，开发知识性产品，下游打通农产品销路，使农民实现快速增收。这一模式有诸多创新亮点，比如为了让农民接受更优质的种苗，传化采取先试种、再付款的创新付费方式。
在农业产业的探索之路上，徐冠巨如同团队明灯，不断给予支持和鼓励。他指导团队要“两头抓”，一头抓上游，研发优质产品，一头抓销售，打通市场渠道，在市场定位上发展有别于传统农业的现代农业。
传化一方面以优质种源、附加值产品打动农户，使其改变生产、种植模式，形成农业品牌意识；另一方面建立农业示范园区，向包括农户在内的所有农业客户传授现代农业创新知识，主动引导客户建立现代农业生产消费理念。比如，传化在培育麒麟瓜苗时运用嫁接技术，既保持了瓜的口感，又提高了瓜苗成活率，改变了农民只能夏季种瓜的传统。为进一步满足当地农户和市场的需求，传化甚至把技术完全交出去，赋能合作社，从整体上改变了原来西瓜种植户的种植模式，推动农业产业持续发展。
打造国家农业科技园
2003年1月7日，中央农村工作会议在北京召开。这次会议提出，实现全面建设小康社会的宏伟目标，最繁重、最艰巨的任务在农村，强调要把解决好农业、农村和农民问题作为全党工作的重中之重。此后，解决“三农”问题成为一种国家战略。2004年，在十届全国人大二次会议上，时任国务院总理的**在《政府工作报告》中代表政府向人民承诺：除烟叶外，取消农业特产税，每年可使农民减轻负担48亿元。从2004年起，逐步降低农业税税率，平均每年降低一个百分点以上，五年内取消农业税。
曾经困扰中国农业发展的税费问题，在三年时间内完成了改革。2005年12月29日，十届全国人大常委会第十九次会议宣布，自2006年1月1日起废止《中华人民共和国农业税条例》。至此，存在了数千年的农业税被取消了，这成了我国农业发展史上的里程碑。
国家政策的支持进一步坚定了徐冠巨投资农业的信心。他总结谈道：“我们投资决策有一个共同前提条件是既要符合社会进步的方向又要吻合国家的产业政策，同时要始终不渝地担当起社会责任，以产业的发展推动社会的进步。也就是说，传化的投资决策必须要置于社会共同认知的理想与价值‘双赢’的平台上。”
经过几年的探索实践，传化农业园区发展成为我国最大的穴盘商品种苗、瓜果嫁接苗、组培苗生产基地之一，并拥有如成功研发、改良麒麟瓜苗等创新成果。传化培育的蕙兰品种占全国市场的80%，花卉种苗也开始向欧洲以及美国、日本等国出口。
从2005年开始，传化农业板块扭亏为盈，步入健康发展轨道。这样的成绩证明了徐冠巨“进军农业”决策的正确性。在一次农业产业商会演讲中，徐冠巨动情地说：“其他下属子公司每年赚取上千万元、上亿元的利润，我觉得都没什么。但我们的农业企业有了几十万元的利润，我感到特别激动，来之不易……”
多年来，徐冠巨布局发展农业产业的决心始终坚定不移。2010年，由传化集团负责运作和管理的浙江省农业高科技示范园区经科技部批准，正式晋升为国家农业科技园，成为杭州地区首个国家级农业园区。
徐冠巨始终保持敬畏之心，他认为企业能够贡献的力量还有很大的拓展空间，传化农业还应继续向前探索。
2017年，曾经的农业科技示范园换上新貌，成为中国·萧山科技城核心区。科技城由萧山区人民政府、传化集团合作共建，通过政府主导、企业主体、市场化运作、专业化服务四大维度来打造科技城全新平台。可以看到，在该项目中传化需要跨组织平衡政府和其他机构之间的多元关系，将政府的权威性、合法性和公共性优势与企业的营利性、竞争性和效率性融合起来，打破不同组织之间的孤立状态，使其协同合作，进而实现价值的最大化。三元主体（企业—政府—社会）的组织模式是社会责任结构的常见形态。各主体的资源、利益、权力和行为要在组织网络中达到和谐状态，难度超乎想象，需要付出巨大心力才有可能达成目标。作为组织者，传化义无反顾地挑起重担，努力寻求不同主体的共赢之道。未来，传化农业和科技城将继续践行社会责任感理念，从社会问题、社会需求中挖掘商业机会，以创造更大的社会价值和经济价值。