清朝的儒家学派主要有两个，一个是汉学派，一个是宋学派，两派各有自己独特的观点。两派最大的分歧在于是否尊重宋明理学。《四库全书》馆的编修人员众多，也存在着这两个学派。汉学派的代表人物是学者戴震，汉学派治学态度严谨，方法较为缜密，擅长考据，但是编修书籍有时候过于烦琐，甚至为追求证据而脱离实际；宋学派代表人物是翁方纲和姚鼐，擅长理论。两派学术观点针锋相对，难免有激烈争论。幸好和珅擅长从中穿插协调，就算批评某一观点也是从实际出发，并不偏袒某一学派。他的最高原则是“争论要有助于编书”，在这一原则下，两派摒弃派系斗争，求同存异，很好地完成了编纂工作。
和珅虽然通晓文学，但毕竟首先是一个政客，而乾隆最关注的不仅仅是文化事业，还要控制文化和言论，这一点和珅当然明白——这也是乾隆让和珅当正总裁的原因。第一部《四库全书》的抄录工作接近尾声，他首先想到的是怎样规避“违制”言论才能让皇上满意，而不是书的历史价值和文化价值。他标记出“胡”、“虏”、“贼”、“虏廷”、“入寇”、“南寇”等字，然后找来了负责校对工作的陆费墀以及负责编纂内容的纪晓岚。和珅对他们表示：清朝是外族入关，皇族对这些字很敏感，应该用别的字替换。
纪晓岚是名人，不用多作介绍；陆费墀是浙江桐乡人，乾隆三十一年（1766年）进士，曾任礼部侍郎。乾隆三十八年（1773年），《四库全书》开馆，陆费墀被聘任为四库全书馆总校及副总裁，专职负责校对工作。
二人听了和珅的话，认为他过虑了。和珅进一步申明观点，二人也据理力争，认为这只是历史文献，轻易替换会造成后人阅读上的不便，降低《四库全书》的文献价值，有违皇帝的本意。和珅日夜伺候乾隆，当然对自己的判断非常自信，而陆费墀、纪晓岚也坚持自己的看法，双方一时间陷入僵局。最后，和珅把这一问题呈交皇上，请皇上定夺。
乾隆帝果然对和珅的提议大家赞赏，命令将书中出现的“胡”、“虏”“贼”、“虏廷”等字眼，一律用“全”、“敌”、“人”、“北廷”等替换。乾隆还斥责了纪晓岚、陆锡熊、陆费墀等人不体察圣意，编纂不用心的行为，而对和珅大加赞赏。乾隆帝觉得这还不算完，他还催促各地加紧查缴违禁书籍。一经发现，立即没收。
纪晓岚、陆费墀等人虽然一百个不乐意，无奈圣命难违，只得忍气吞声逐一对所有涉及的字进行了修改。这种工作不仅毫无意义，而且费时费力，一个多月才完成。不料乾隆帝见他们迟迟不能完成，认为纪晓岚工作不力，故意拖延时间，又把他们申斥了一番。纪晓岚、陆费墀等人费力不讨好，又不敢发作，只好忍气吞声。
和珅却从中尝到了甜头，此后更是越发严厉，甚至流于形式，只要有“违逆”的言辞，《四库全书》中一律删改。他已经猜透乾隆控制舆论的心思，就趁着搜集文献的机会，多次下令查缴“违禁”书籍，对清朝有诋毁，甚至稍有“影射”之嫌的书籍，一律加以销毁。就这样，编入《四库全书》的资料大都做了相应修改，有些甚至失了原意，在客观上降低了资料的真实性。
乾隆四十九年（1784年），《四库全书》终于完成了。全套书用不同的颜色区分开来，四部书的颜色依春、夏、秋、冬四季而定，经部为绿色，史部为红色，子部为月白色（或浅蓝色），集部为灰黑色，而《四库全书总目》采用代表皇权的黄色。