云南巡抚孙士毅因为涉及李侍尧一案，已经被革职，押解京城。按照孙士毅的罪名，本应发配伊犁流放。若真的发配伊犁，能否返回内地实在难以料定。幸亏和珅对孙士毅比较了解，知道他颇有才气，再加上孙士毅在办案期间还曾经帮过和珅，和珅认定此人可以争取，决心帮他一把，把他调去编纂《四库全书》。于是，和珅启奏乾隆：“孙士毅只不过是李侍尧案的一个从犯，人在屋檐下，不得不低头，他的所作所为实在是不得已而为之。况且臣听说孙士毅才学广博，如今编纂《四库全书》正是用人之际，把这样一个熟读经书的饱学之士发配伊犁，岂不是暴殄天物？不如将他调去编修《四库全书》，将功赎罪。这样一来，孙士毅必定感激皇恩浩荡，尽心竭力。如果他再出什么差错，皇帝再定他的罪，谅他也无话可说。”乾隆见对编书有利，就欣然应允，乾隆为了编《四库全书》而赦免一个流放之人，可见他对这本书的重视。
和珅心中明白，自己那点学问只能哄乾隆帝高兴，真正要编纂《四库全书》，还得靠“实力派”的纪晓岚等人，因此非常重视他们的意见。《四库全书》主体内容的编篡大部分是由纪晓岚完成的，和珅除了严格把关不利于朝廷的文字内容外，平时并不“外行领导内行”，不去干扰这些学者的工作，从这一点也可以看出和珅的领导才能。
除了编辑人才缺乏外，和珅面临的还有文献搜集的问题。编书需要参考文献，朝廷虽然已经几次下诏寻找历史上流落下来的文献，但人民历经战火，肚子都难以填饱，哪还有精力保护图书，所以很多民间文献都散失了。明朝永乐年间成书的《永乐大典》是重要的官方参考文献，它收录了古代重要典籍七八千种之多。全书分门别类，辑录上自先秦、下迄明初的古书资料，经史子集、道释、医卜杂家之书汇聚群分，甚为详备。更难能可贵的是，收录在《永乐大典》的古代文献都经过详细的考证，而且未曾删改，对编修《四库全书》很有借鉴意义。但是可惜，经历明末清初的那场战乱，《永乐大典》全本早已不见踪影。纪晓岚等人多次到翰林院查找都没有结果。
和珅上任后，也曾认真查访过《永乐大典》的下落。他经过查阅历史资料得知，《永乐大典》编成后一直珍藏在南京。明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，将《永乐大典》带到了北京，收藏在故宫内。嘉靖四十一年（1562年）八月，誊写了副本一部，从此《永乐大典》就有正副两部。后来，《永乐大典》的正本遗失，副本一直保存在明朝的档案库内。乾隆时期，档案库的藏书无论公藏私藏都已经发展到了顶峰，尤其是翰林院内的藏书更是浩如烟海，再加上一直疏于管理，所以一时无法找到也在情理之中。但和珅坚持认为《永乐大典》肯定就在其中，只要细细查阅，一定能够找到。
和珅于是请求乾隆给翰林院下旨，再次查找《永乐大典》的下落。翰林院官员虽然老大不乐意，也只好遵旨再查找一次。
和珅怕翰林院的官员敷衍了事，不肯认真翻阅，于是亲自带人到翰林院的藏书库查找，但还是没见踪影。翰林院的官员说，这部大典一定是在明末战火中遗失了。和珅又认真查阅了资料，认定《永乐大典》这么重要的典籍，就算是丢失了，也一定会有记载。现在竟然没有一点记载，那么副本应该还在翰林院的某处保存着。