开成三年（838年）正月，李石骑马上朝，中途遭到刺客射杀，马受惊后驮其回府。不料府门外也埋伏着刺客，刺客挥刀来砍李石，砍断马尾，李石幸免。文宗知道后大惊，命神策遣兵护卫李石，并下诏追捕刺客，未得。百官惊惧，甚至有人不敢上朝了。
为了免遭杀身之祸，李石向文宗上表请求辞去相位。文宗无奈，只好让李石挂相衔出任荆南节度使，这时朝中再没有一个敢直面仇士良的人了。
掌握了国家大权的仇士良，其全部心机都用在如何保持自己的地位上。他不许皇帝过多地接触读书人，也不许皇帝过问国家大事。一旦皇帝稍有不从，他就会琢磨着是不是再换一个人当——这种事情他做得驾轻就熟，没有什么心理负担。
朝中百官经历多次政变之后，为之一空，甚至连朝廷日常的运作都已经难以维持。在这个时候，仇士良保持了对大臣的一贯不信任，他甚至都不愿意自己的亲信去填补这些空缺，宁可让这些位置就这么空着。在这种情况下，就算是神仙也无法治理好国家。他所做的只是牢牢控制住神策军（禁军），以此保持住自己对皇帝的优势地位。
开成五年（840年），文宗病死，他诏令敬宗子太子李成美继位。仇士良因为太子不是他立的，就杀了太子，另立文宗弟李炎为皇帝，即唐武宗，年号会昌。因武宗是自己立的，仇士良更加猖獗，竟对武宗指手画脚，凡武宗所宠的人，无论乐工，还是内侍，皆诛杀贬谪。武宗刚毅果断，喜怒不形于色，对于仇士良采取“内实嫌之，阳示尊宠“的办法，接着任用李德裕为相来排斥仇士良。
仇士良已感觉出自己被武宗疏远，于是就用鼓动禁军闹事的阴谋妄图挤走李德裕，夺回自己的地位。
会昌二年（842年）十月，李德裕起草赦书，减禁军衣粮及马刍粟，仇士良便鼓动禁军哗变，围攻李德裕，借此铲除他。李德裕看穿了仇士良的阴谋，急速求见武宗，武宗大怒，立即派人对神策军宣旨：“赦令自朕意，宰相何豫？尔渠敢是？“于是风波平息，仇士良未得逞。至此后，仇士良日夜不安，自知作恶多端，说不定哪天就大祸临头。不久，武宗就把他削为内侍监，知省事。
会昌三年（843年），他请求告老还乡，宦官送他走，他还对党羽们传授驾驭皇帝的经验：“不要让天子闲着，应该常常以奢靡来掩住他的耳目，使他沉溺于宴乐中，没工夫管别的事情，然后我辈才能得志。千万不要让他读书，不让他接近读书人，否则，他就会知道前朝的兴亡，内心有所忧惧，便要疏斥我辈了。“
武宗并没有放过他，第二年，削去他的官爵，抄了他的家，仅留下他一条性命。不久，仇士良病死。可惜，这只是武宗针对仇士良一人的反击，却不是面向整个宦官群体。虽然没有引起什么反弹，但是对于皇权的巩固却是毫无用处。