祖冲之的晚年，正值南齐后期，统治阶级内部矛盾尖锐，政治黑暗，社 会动荡不安。
在这种情况下，祖冲之的研究方向有了很大的变化。他着重研究文学和 社会科学，同时也比较关心政治。
祖冲之曾为 《易经》、《老子》、《庄子》、《论语》、《孝经》等古 代哲学、文学书籍作过注。此外还著有小说 《述异记》十卷。但这些著作都 象《缀术》一样失传了。
此外，祖冲之对于音乐理论也很有研究，达到当时的最高水平。我国古 代音乐音阶的各个音称为“律”，最初只有五个，叫“五音”或“五律”， 以后发展为七律、十二律。每个律有专门称呼，如“五律”的名称分别是： 宫、商、角、徵（音zhǐ）、羽。音律是指选择构成音阶的各个音间的规律。 如何来辨别这些音律呢？这里有一定的标准。古时有一种叫做“黄钟律管的 专门工具，可以按照它的长短对音律进行校正。另外，黄钟律管还具有校正 度量衡的作用。祖冲之研究过晋初的铜尺和黄钟律管。
在我国古代，数学理论和音乐理论有许多相通之处，有着密切的联系， 精通数学的祖冲之，精通音乐理论是很自然的事。
公元493年，齐武帝萧赜刚去世，继承皇位的齐明帝为了稳固皇位大杀 皇族，又引起统治集团内乱。随后，北朝的北魏趁机出兵进攻南齐，战争从 494年持续到了500年，齐的军事重镇寿阳 （今安徽寿县）也被北魏占领。 南齐很快地衰亡了。
在齐明帝时，祖冲之除了继续担任原有的职务外，又被任命兼任军职— —长水校尉。长水校尉的具体职务是管理国内的少数民族部队，其中大部分 是南齐和北魏作战时招降和俘虏的北朝士兵。南齐把年近七十的祖冲之从文 职调任军职，说明南朝统治者已经无力维持局面，同时也说明了祖冲之本人 有一定的军事才能，并且也愿意在军事方面为国家贡献自己的力量。
祖冲之在其晚年，不仅担任军职，而且还提出了“富国强兵”的政治主 张。他作了《安边论》这一政治军事论文上报朝廷，希望政府在北部边防线 附近进行屯田和移民，以增加国家的经济实力和军事实力。可惜这篇文章也 没能流传下来，我们只能从其它书上的一些零星记载中猜想《安边论》的内 容了。祖冲之不仅提出了 《安边论》，而且还积极创造各方面的条件，准备 实施他的设想。所以他到各地进行视察，并兴办了一些建设事业。可是，当 时南齐的统治已经无法再维持下去。国家政权摇摇欲坠，再加上南北朝之间 的连年战争，祖冲之良好的政治主张无法在国家内部施行，更无法实现了。