贯穿《狼疾记》的主题是“存在的不确定性”，这一认识也即是对于自我存在的怀疑。小说始终围绕着这个主题，引导出作为例证的地球的毁灭等话题来，为这一主题添加上了浓厚的末世般的虚无感。
正如武田泰淳所说的那样：“中岛最终并没有找到一个活用自己狼疾的方法。也更没有想过要利用它来让作者接近自己的作品。但是，一直困扰着他的狼疾，他所厌恶的，甚至认为是非文学的自我，不知从何时起，将其引导至了除他以外别人不能写的崭新的文学上去了。”
《变色龙日记》比《狼疾记》晚一个月写成，是一篇采用第一人称叙事的日记体小说，在主题上和《狼疾记》有一定的重叠性，两者构成互文关系。在该作的开头部分有如下的内容：
久久以来沉睡在我内心深处的异国情调，与这珍奇的小动物的不期出现一道再次苏醒过来：曾经在小笠原游玩时的大海的颜色、热带树木厚实的叶片的光泽、碧油油的炫目的天空、艳丽的原色的色彩、燃烧的光和热。对于珍奇的、有着异国情调的东西的鲜活的感动急剧地奔涌而出。尽管外面是雨夹雪天气，我却有种久违了的心潮澎湃。
很显然，在这篇小说中，变色龙是一个作为具有隐喻意义的装置而出现的。变色龙象征着“我”已经忘却了的过去。而从遥远的南国被带到了严冬时节的日本的变色龙，同时也象征着“我”现在的生活状态。因为寒冷而日渐衰竭的变色龙与无法融进现实生活的“我”相对应起来；随着环境的改变而不断改变身体颜色的变色龙与被现实环境疏远的“我”，也形成了极好的对应关系。换言之，变色龙其实就是“我”自身处境的外在投射。在这篇日记风格的自我剖析的独白小说中，中岛敦延续并深化了《狼疾记》的主题。
“我并非是自己所想象的我。习惯和环境代替我在行动。每每想到人类这一生物的一般习性时，我这一特殊的个体似乎就要消失掉。”这即是说个体的自主性，会在人群和习惯中被空洞化。“我”是什么？“我”不过是被他者侵占掉全部空间后的物体。这是中岛敦深刻的怀疑精神的凸显。当“我”摸着自己的各个身体器官时，总想着“晃晃荡荡的松弛的灰口袋、丑陋的管子以及奇形怪状的水泵”在运转，此时“我”产生了这样的疑虑：“随着我挨个意识到组成我身体的各个部分，我越来越不明白自身的存在了，我究竟是谁？”在这里，作为一个有机整体的身体的各个器官发生了分裂，被意识切割成了互不相干的零件。这也就意味着自我的解体。如此说来，中岛敦在《变色龙日记》中，将《狼疾记》中因为存在的不确定性而引起的怀疑主义精神大大地向前推进了一步。这种内攻性的自我解体，也正好切合了这篇小说前面所引用的《韩非子》中的一句话：“虫有蚘者，一身两口，争相吃也。遂相食，因自杀。”对此内容，有论者认为：“在一个躯体里，群居着复数的生命这种‘一身两口’的隐喻，可谓是中岛敦文学的特殊性之一。”从思想的角度来思考，这种独特性，与其说是来自近代西方的思想和文学，毋宁说是源于作为中岛敦家学的汉学的影响。也就是说，它是反西洋性、反现代性的。这一身体的吊诡，让人想起梅洛·庞蒂的作为“观看的”以及作为“呈现”的身体这样的反讽。正如“我”反思的那样：
说到我的价值观，究竟有多少真正属于自己的东西呢？就像是《伊索寓言》中所出现的那只臭美的乌鸦：身上分别长有莱奥帕尔迪、叔本华、卢克来修、庄子、列子、蒙田的羽毛。多么丑陋的怪鸟啊！
“这是二十七岁时的中岛作品中的自我分析，但是如果说这是他在追问自我，思考自我的本源，那他很容易陷入自虐的境地。站在这些众多的具有代表性的巨著面前，自己会被映照出来。越是学习它们，自己就越是容易碎掉，最终成为马赛克”。对三造来说，这不仅“成了自虐，陷入到了自我厌恶”的黑洞里，更是自我被碎片化后的形象。
在《变色龙日记》中，依然延续了《狼疾记》的怀疑主题：
在我幼小的时候，我曾怀疑过，在这个世界上，除了我之外，其他都是狐狸变幻的。包括父母，世界上的一切都是为了欺骗自己才出现的。而且，总会有一天，在某一个瞬间这个魔术就会被揭开。直到现在，我都是这么认为的。
正如论者所言：“这只是孩子气的单纯的妄想而已，如果是神经质的孩子，谁都会经历过。但是，他接着写道：‘直到现在，我都是这么认为的’，倘若如此，这种不安已经变成时常把暗影投射到日常意识中的深渊。”“他的这种不快与不安，与人类存在的不确定性乃至疑惑重叠着，甚至强化了不安。就是这种不安，成了滋生中岛敦精神中所有阴暗感情的根源。”这也是“我”所有烦恼的原因，每当“我”想要与外界沟通时，这一怀疑主义的影子就会先声夺人，消解了“我”的这种**。同事吉田、K君等人的正常的行为，往往会成为“我”嘲笑的对象。被怀疑主义消解了行动力的“我”，自然而然地就和世界、和他者处在了隔绝状态中。
实际上，近来自己的生存方式太可悲、可叹。瞻前顾后、内攻、窝心，自我伤害，怯懦至极。最终也就只剩下浅薄的犬儒主义。我原本不是这样的。究竟从何时开始成了现在这个样子呢？总之，当我猛然醒悟之时，就已是这种奇怪的状态了。这不是好与坏的事情，而是让人感到困惑的事。总之，自己与周围那些健康的人不同，当然，对此，我并不感到自豪。恰恰相反，我是满怀不安和焦虑在说这件事。对事物的感知方法，处事的心态等很不相同。大家都活在现实中，而我不是这样的。我像是青蛙卵一样，被包裹在透明的果冻中。在现实与自己之间隔着一层东西，不能直接触摸。最先，我还认为那是知性的装饰，尽管觉得很困惑，有时还会觉得很自足。但是，事情并不是那样的。而是源于缺少一种最为根本性的、先天性的某种能力。这不只是一种能力，而是缺少好几种能力。
“我”把造成这种断层的原因归为自身先天性能力的欠缺：缺少让个人成为个人的那种功利主义；缺少理解某种东西是为了服从某一目的而被组织起来的秩序这一能力；爱把所有的事情与永恒相对比起来思考的缘故，感觉到这件事在最终意义上的无聊，从而抛弃了所有的努力。
就在变色龙完全变得很虚弱时，“我”托同事将它送到了动物园。第二天，“我”顺便去了学校，并在山手高地一带闲逛，去了外国人墓地。在那里“我”有这样的述怀：
正好是去年的这个时候，同样是在雾蒙蒙的早上，我曾坐在同样的地方俯视街景和码头。我现在想起了这些往事。但我总觉得这不过是两三天前的事。甚至觉得是从那个时候起我一直都在看同样的风景。总是浮现在我心里的想象——我有一个习惯，会想象临终时必然会想起关于自己一生的短暂、虚幻（真的是**性的那种感觉）——忽然又掠过心头。因为在我看来，现在的感受和一年前的感受完全不能加以区别，颇似临终前的那种感觉。
接下来，“我”看见了一个幼儿的坟墓，想起了欧里庇得斯作品中的一节，说是死者们也很拘泥于地上的存在。行文至此，《变色龙日记》的文本就关闭了。与10天内变色龙的衰弱状况相对应，从“我”心潮澎湃的思绪开始，一直写到思考死亡为止，这篇小说的结构是整然的。和《狼疾记》一样，这篇小说打破了日记体叙事视角的限制，并不完全描写“我”个人的抽象思考，也同样描写了将自我相对化的“我”身边的“俗人”，比如，“彻底的实用主义者，没有廉耻的物质性的”国语教员吉田、去年退休的音乐教师、英语教师K君等。但在自我繁殖的过剩的观念的支配之下，“我”已无力与这些生活在俗世中的他者达成交流，像“蚘虫”一样，在自我吞噬的悖论中等待着破灭的到来。
众所周知，中岛敦常年为宿疾哮喘所困，在1942年12月年仅三十三岁就辞世了。不可否认的是，在中岛敦式的哲学玄想中同样内含了他对疾病、身体的潜在的忧患。换言之，疾病同样是理解中岛敦文学思想的一个重要的切入口。《变色龙日记》中的主人公有如下的述怀：“从很早以前开始，夜里上床之后很难入睡，现在也依然如此。这主要是因为近10年来每天必服的哮喘镇静剂的缘故。每晚的睡眠时间也就两三个小时左右，白天就会没精神”，“昨夜就寝时开始有些胸闷，半夜果然发作了，从床上起来。打了一支针剂，在床上一直坐到天亮。呼吸困难稍稍缓解了，可是头痛得厉害。到了早上觉得很不安，又服了八片药剂。没吃早餐，因为痛苦而不能躺卧，终日就靠在椅子上”。如果参照中岛敦的日记等资料，就能明白，如此沉郁的描写完全就来自他本人亲身的抗病经历。疾病加诸**的痛苦，必然也会对其精神产生重要的影响。
总之，“我”的精神不能和周围健康的人相比。比如，国语教师吉田这个人，就是一个完全不知羞耻的重物欲的人。他从不怀疑什么，对任何事情都是充满了激情和行动能力。英语教师K也一样，在高等教员考试合格后，居然把登载他合格消息的报纸拿到学校来炫耀。但是，在“我”看来，吉田“正是我应该引以为模范的人”，认为“K君爱宣传，恰恰说明他很正直”。也就是说，他们具有鲜活的现实生活能力，而“我”不过是与现实的洪流切断了往来交通的孤独的存在，在“我”和世界之间，始终隔着一道厚厚的墙壁，“我”无法被卷入生活的漩涡中，渐渐地游离于生活。由此，“我”的不安也就渐次高涨起来：“因为把任何事情（不知天高地厚）都和永远对比起来思考的缘故，首先会感到它的无聊。在实施实际的对策之前，想到这件事终究没有任何意义（是切身感受，不是在理论上，而是‘啊，好无聊’那种发自心底的感受），而放弃一切努力。”像这样，存在的不安与疾病重叠在了一起，瓦解了“我”的现实生活，“我”跌进了无垠的怀疑主义的虚空中。
深陷如此状态，中岛敦最大的焦虑就是自我主体性的坍塌，他为此感到不安。同时，在他看来，不安的根源就在于对自我的过剩般的执念，借用小说中三造的话说，“如果不是自大、放任自己的人，就不会总是重复对自己的审查和指责。所以，像我这种常常耽于恶癖的人，恐怕就是一个极端的自大的标本吧”。这既是反省，也是中岛敦的无奈。他唯有不停地描写那些被自我附体的人物的宿命，才能找到与此世界相关联的介质，而这种介质却又是流动的，不停地从他的脚下溜走。也正是在这一运动中，体现了中岛敦文学的张力和魅力。正如论者所言：“与其说中岛敦活用了‘自己的狼疾’，毋宁说他是通过与它白刃肉搏来踏进除他以外谁都不能描写的崭新的文学。”