正因为系特务在反共方面有这些“高明”的手段，在整个20世纪30年代的前期和中期，系特务组织的地位始终在特务处之上。系大头目陈果夫历来瞧不起戴笠动辄绑架、暗杀的土匪作风。在一次系特工训练班上，陈果夫对特务们讲情报业务的政治要求，课后，陈果夫对身边的亲信特务说：“戴雨农喜欢蛮干，情报工作人员摆出吃相难看的样子，用便衣武装代替一切，还要情报技术有啥用场？”
这话传到戴笠耳朵里，他对陈果夫更是恨得咬牙切齿，处处与之作对。当时，双方的工作重点都放在上海，上海便成了双方斗法的场地。系特务要搜捕和处理人犯时，必须经过警察局的批准和协助，而警察的关系大多掌握在戴笠手里，戴笠总是有意为难。
蒋介石察觉到戴笠与系钩心斗角的内讧大大地削弱了特工力量，觉得有必要将其统一起来。决定成立军事委员会调查统计局（简称军统局），由陈果夫任局长，下设三个处：一处是党务处，由徐恩曾任处长，人手基本上是过去中央组织部调查处的全部人马；二处是军警处，处长戴笠，下属自然就是原“复兴社”特务处的原班人马；三处邮检处是新成立的，主管邮电检查业务，处长暂时由局本部少将级秘书丁默邨兼任。
军统局于1935年5月4日正式成立，局本部设在南京西华门四巷非园，一处地址设在南京道署街132号；二处仍在南京鸡鹅巷53号。
军统局成立以后，原特务处的文强、赵文龙等人非常担忧，纷纷对戴笠说：“处长，现在我们归陈果夫管了，他历来就和你有过节，今后肯定会处处和我们过不去的。”
戴笠说：“不怕，一般问题我可以自己做主，遇有重大问题，我再直接找校长。完全可以绕过痨病鬼。”
戴笠说到做到，在以后的工作中，除了去局本部领取经费，几乎从来没有找过陈果夫。
陈果夫本来就看不起戴笠那一套绑架暗杀的勾当，现在把特务处基层给他指挥，可戴笠从来没有把他当过上级，陈果夫因此心里不愉快。一次，戴笠去局本部领取经费时，陈果夫拦住他道：“戴处长，这么长时间了，怎么从不见你汇报工作上的事？”
戴笠心下冷笑道：这痨病鬼，拿着鸡毛当令箭，还真想管我呢！嘴上却说：“我这不是来了吗？”
陈果夫道：“光领钱不谈工作，这样的下级用来干什么？特务工作是应该处处讲究技术的，有些人专用粗鲁的办法有何用？”
戴笠听出陈果夫把矛头指向他了，毫不示弱地回敬道：“以前我们没给军委会管，是因为特务费支出感到费力，才给你一个发款的权利。我们干的虽是打打杀杀的工作，可王亚樵、吉鸿昌并不是靠‘技术’就可以解决的。”
陈果夫气得呼吸急促，他知道戴笠脾气凶暴，不得不把气咽下去，扭头走了。
戴笠冲着他的背影，从鼻孔里哼出轻蔑声。