张居正后来在给自己儿子的一封信中曾坦诚地分析过这一次落榜的原因。他说：“夫欲求古匠之芳躅，又合当世之轨辙，惟有绝世之才者能之，明兴以来，亦不多见。”因为“弃其本业，而驰骛古典”所以导致了“甲辰下第”。（《张太岳集·卷三五·示季子懋修》）
这段话的意思是说，当时科学考试的考察重点是文章的写法，而张居正当时的兴趣却转向了古代的一些典籍，以至于在文章写法的训练上荒疏了，这样就导致了他的会试落榜。
那么，他当时兴趣转向了哪些古籍呢？
从他后来的一些文章可以看出来，他当时的兴趣转向了西汉的一些政论文，比如他中进士后第一篇主动的上书就是模仿西汉贾谊的《陈政事疏》而写的《论时政疏》。像西汉贾谊的这类文章都属于国家大政方针的探讨，你不要看贾谊在西汉并不得志，其实后来汉武帝开创大汉帝国的思想基础与大政方针都是在贾谊的政论文里最早提出来的。
因为沉醉于对汉代政论文治国之道的研究，所以疏忽了对八股文形式上的训练，这就是张居正第二次落榜的真正原因。
这也证明了思考力与政治眼光的训练才是这个天才成长过程中特别追求的学习内涵。
恩怨
第三个证明，那就是他跟辽王朱宪火节的私人恩怨了。
在朱宪火节害死张居正的爷爷张镇之后，张居正并没有表现出什么，而且一直还是跟朱宪火节保持着很好的朋友关系。
比如在踏入仕途后，张居正因为要躲避政治斗争，很快就回家休养了三年，这三年里，他经常跟辽王朱宪火节混在一起。朱宪火节呢，也经常拉着张居正去游山玩水、诗酒聚会。因为他是辽王啊，所以张居正也不能拒绝，有时候他甚至还得陪着这个纨绔子弟去一些花红柳绿的地方，所以张居正曾在这一时期的诗里表现过愤懑与苦恼的情绪，这里头固然有忧国忧民的成份在，但也应该有他那位好朋友朱宪火节的成份在。
所以那一段时间，朱宪火节把张居正折腾得够呛，大概从十六岁灌死张镇之后，朱宪火节的心里就很痛快，心的话当年毛妃非要说你张居正要牵着我的鼻子走，现在看看是谁牵着谁的鼻子走啊？
可张居正也没闲着，他在这一段时间的文章里把辽王的一些不法行为，尤其是可以变成日后政治把柄的行为都记录了下来。
朱宪火节不是天天逼着张居正陪自己玩吗?于是他的那些糗事，张居正也摸得一清二楚。什么霸占民女啊，什么私自另立辽王继承人啊，甚至私自擅离辽王封地啊，这些对于日后的清算可都是非常关键的证据。毕竟在人事斗争上，辽王这个纨绔子弟跟天才的张居正没得比。