崇祯二年年底，朱由检下令以“擅主和议、专戮大帅”为罪名将袁崇焕和钱龙锡问罪处死。
崇祯三年八月，袁崇焕被朱由检处以磔刑，在北京凌迟处死！“兄弟妻子流三千里，籍其家。”
袁崇焕之死对辽东边防影响深远，杀了他也就彻底地寒了边关将士的心。而归根结底，之所以杀死袁崇焕，朱由检也并非是上了皇太极的当这么简单。
从袁崇焕所定之罪我们就可以看出，皇太极的反间计起到的是一个促进作用，并不是此案的主体，但也正是这许许多多的事情累积在一起才让朱由检彻底放弃了这个自己曾经无比信任的辽东主帅。杀袁崇焕，没有具体、主要的原因，而是议和、杀毛文龙、军饷太多、北京一战的防守策略，这所有事情累积在一起的结果。如果我们非要总结出确切原因的话，那么只能说原因有两个，一是作为皇帝的朱由检，年轻、褊狭、猜忌、刻薄；其次就是作为悲剧主角的袁崇焕虽然带兵是好手，但却有着致命的官场幼稚病。
（四）清风起，定辽东
北京之战给明政府带来的是沉重的打击，但是给皇太极和他的后金国带来的却是无比的喜悦，一来拔除了袁崇焕这个眼中钉，又先后击杀了山海关总兵满桂、副将孙祖寿等人，擒获黑云龙等骁将。后金军纵掠畿内，连下迁安、滦州、永平、遵化、固安、香河等州县，“每战必胜，每攻必克”，继而留兵驻守遵化、永平、迁安、滦州四城。这一次的战果可谓巨大，取得了全面的胜利，彻底解除了明帝国对后金的军事压力，从此开始了金国掌握主动权、明朝步步败退的新阶段。
基本稳定了边疆局势之后，皇太极开始着手内部改革，由于连年征战，后金内部过于注重军事发展，文官的数量有限、质量不高，帝国的吏制极不健全。为了改变这种政治结构上的不均衡，皇太极开始大量选拔人才，量才录用，充实国家机构。他指出：“自古国家，文武并用，以武功戡祸乱，以文教佐太平。”下令“于生员中考取其文艺明通者，优奖之”。诸贝勒府以下，及满、汉、蒙古家，所有生员俱令考试，并谕各家不得阻拦。崇祯二年九月，后金考试儒生录取二百人。崇祯七年三月，又考录汉人生员，一等十六人，二等三十一人，三等一百八十一人。在皇太极的治国方略中，“以人才为本”是其核心部分，他命令满、汉、蒙古各官荐举有深知灼见之人，而且不论出身、民族，尽量做到量才录用。从天命汗努尔哈赤的“戮儒”到天聪汗皇太极重用儒生，后金帝国的人才观念发生了重大变化。皇太极大力选拔人才的结果就是治下各族才俊大量被发掘出来，加入到了建设后金的队伍之中，这其中汉族仕人数量相当可观，也在一定程度上改变了后金政权的组成成分，进一步缓解了民族矛盾。诸如鲍承先、宁完我、高士俊、高鸿中、马光远、张存仁等汉族人都成为皇太极的股肱之臣，为后金政权的建设做出巨大贡献。