万历十八年（1590年），贵州巡抚叶梦熊上疏朝廷指出，杨应龙有诸多凶恶之事，巡按陈效则直接给出了杨应龙的24条罪状。但是在如何评价和处置杨应龙一事上，明朝内部存在着不同意见，在黔的官员认为杨应龙罪大恶极，但蜀地官员认为其无可勘之罪，黔官便指责蜀官有意包庇。当时为防御松潘，播州土兵被征调协守，发挥着重要的作用。松潘地处险要，是西南少数民族的聚居地，也是西藏通往内地的桥头堡，为西南边防前沿阵地。正是因为如此，四川巡按李化龙提议，暂免对杨应龙的勘问，准允他戴罪立功。
两派意见相左，明政府犹疑不决。其实，叶梦熊弹奏杨应龙还有另外一层深意，那就是要推行所谓的“改土为流”。万历十九年（1591年），叶梦熊正式提出这一主张，欲把播州所辖五司“改土为流”，全部划归重庆管理。所谓“改土为流”，就是废除世袭土官制度，改为非本地的流动官员进行统治，这意味着播州杨氏对当地的统治即将化为乌有，杨应龙当然不会答应，所以极力加强对所辖五司的控制。
此时杨应龙家中还发生了一件大事，对杨氏家族的走向产生了深远的影响，也使得朝廷的反杨势力抓住了把柄。万历十九年（1591年），杨应龙的宠妾田雌凤为了争夺嫡系之位杀了嫡妻张氏。张氏的叔父张时照与部下何恩、宋世臣等人含恨上书朝廷，诬告杨应龙谋反。叶梦熊闻讯大喜，立即请求发兵剿灭杨应龙，但受到蜀地官员的反对。他们认为，蜀地三面邻播，与播州关系密切，而且播州兵将骁勇，多次受朝廷征调，立有战功，突然发兵征讨不是良策，应以安抚为宜。但是，谋反是何等严重的罪名，朝廷再也不能等闲视之，于是下令四川、贵州两省联合勘调此事。杨应龙表态，愿意配合调查。不过他提出，黔地官员一向必欲除己而后快，所以他愿意赴蜀而不赴黔。
万历二十年（1592年），杨应龙在重庆受审，结果被判定有罪，依法当斩。杨应龙大惊，急忙疏通各种关系以求活命，允诺愿以二万金赎命，正在狱审犹疑不定之际，国际国内突然发生的一场重大事变，使杨应龙逃过一劫。那一年，日本的丰臣秀吉发动了侵朝战争，明王朝决定发兵援朝，于是广征天下之兵。杨应龙闻讯，立即表态愿率五千播州兵征倭自赎。国家正当用人之际，朝廷同意了他的请求。
不过杨应龙的所谓率兵援朝看来并不是出于真心，他回到播州后一直按兵不出，没有履行出征朝鲜的诺言。巡抚王继光前去督办，杨应龙仍然没有回应。此时，张时照等人再次上书弹劾，王继光遂发兵征讨。
征讨杨应龙的战事一开始进展得并不顺利，播州辖内山高林密，道路难行，大明政治腐败，军队战斗力差，在与杨应龙的交战中屡屡受挫。朝廷一时拿杨应龙没有办法，又考虑到东西两线同时用兵，未必能取得好的效果，因而再次招抚杨应龙。