其后，皇帝开始不断地“整饬”官吏。在乾隆十六年第一次南巡中发生的“伪稿案”等“风波”中，[66]皇帝即迁怒地方官员，如乾隆十六年八月，将山东巡抚准泰革职拏问；山东按察使和其衷一度也革职拏问；十一月，令将江西巡抚鄂昌、江西按察使丁廷让解职。皇上批评一些督抚说：
外省督抚，养尊处优，牢不可破之恶习，无所惩戒，何由更改？既明知其办理背谬，而复为姑容，国家任用封疆大臣，安用有此？外省吏治，尚可问乎？[67]
并指斥一大批能臣：
近日督抚办事，有所谓上和下睦，两面见好之秘钥。貌为勇往任事，以求取信，而阴市私惠，谓有旋乾转坤之力，使属员心感。尹继善惯用此术，方观承及巡抚中一二能事者，趋而效之……[68]
对一些大员，始终不给他们好脸子看，甚至侮骂由之。[69]
到乾隆二十年左右，遂发生了一次次“整饬”官吏的“运动”，如胡中藻案、彭家屏案、庄有恭案、蒋炳案……等等，自那以后，它断断续续，几乎就没有停止过。其高潮可能就是乾隆三十三年的“叫魂案”了。在该案中，皇帝将两江总督、江苏巡抚、前江苏巡抚、安徽巡抚、浙江巡抚、山西巡抚等“俱着交部严加议处”。山东巡抚因刑求逼供、误导上司，被“恼羞成怒”的皇上降职，还有一批低级官员也遭到弹劾。次年，因一相关案件又有一批官员受到处罚，其中计有68个知县、22个知府、14个道台、32个按察使、29个布政使、26个巡抚、以及14个总督。这确像是孔飞力所谓的“政治运动”了。这一系列的事件之中，恐怕都留有乾隆十三年的微妙的影子。[70]
清朝皇上兼任宰相，又一切“出自朕衷独断”，无人“辅佐”，无大臣“襄赞”，这使他成了一个十分孤独的人物。他身边也几乎没有形成一个“帝党”，在“回向三代”这样的事业上，既很少赞同的声音，也很少有人反对，一片沉默。
这不是“专制”，也“专制”不起来。何况还有一些基本原则（如道统）要遵奉，有法律条文的限制需要顾及，怎能说“最后为一人决定”（这是儒家最基本的政治主张），就是“专制”或“专制主义”呢？
今天捧读清代实录或其他档案史料，亦不难发现，皇上谕旨虽非公之于众，但无论面对谁人，他都是在讲理，像是在面对天下苍生，面对历史，不但道理要讲明白，事情的来龙去脉往往也要交代清楚。“蛮不讲理”，或“没理找理”的事情也不是没有，但都得说出一套，并非“黑箱作业”。皇帝也常常征求别人意见，或发起廷议、会议予以讨论（特别是在那些专业性很强的社会经济事务，如粮政、矿政和水利上），这也和一般对“专制政治”的理解不符。