花剌子模最骁勇善战的接近三万人的康里兵团，就这样稀里糊涂地被屠杀，据说他们被屠杀时，几乎是逆来顺受，没有勇气决斗，甚至连逃生的勇气都没有。
和他们相比，撒马尔罕内城里的将士们就英勇悲壮得多。当蒙古军在外城抢劫时，他们突然从内城杀出，把抢劫部队杀了个人仰马翻。猝不及防的蒙古人连忙稳住阵脚，凭借数量优势，将他们逼回内城。
蒙古人将内城围得水泄不通，双方矢石齐发，遮天蔽日，从中午战至黄昏，内城终被攻破，1000多名康里勇士退守大清真寺，顽强抵抗，誓死不降。成吉思汗兵团只好喷射石油，将清真寺和寺里的所有人焚毁。
成吉思汗在完全占领撒马尔罕后，骑马穿过伏尸遍地、浓烟滚滚的城市到郊外，撒马尔罕用了一个世纪成长，结果成吉思汗用八天时间把它变成一堆废墟。
摩诃末绞尽脑汁都想不明白，成吉思汗兵团为何如此强大，强大得使他恍惚地想过，难道成吉思汗真是真主派来的鞭子？
这是个他无法集中精神考虑的问题，因为成吉思汗的追兵已向巴尔克方向追来。他要把所有的精力都用在逃亡上。追击他的人是哲别和速不台，临行前，成吉思汗严肃地告诉二人：“不擒到摩诃末，就不要回来了。不论他逃到天涯何处，紧追不舍。诸城降者赦免，抵抗者即加以消灭，不留一人。”同时把一道用畏兀儿文写就的招降文告交给二人，文告说：“为告谕守将、贵人、平民，一体知悉，真主以大地之国自东至西付我一人，降者保其家，抵抗者并其妻女家属杀无赦！”
摩诃末在巴尔克一听到成吉思汗追兵来了，马上和儿子札兰丁商议下一个逃亡目标，札兰丁说：“河中局面已无能为力，现在要竭力保住呼罗珊地区和伊剌克。我们活着召回分驻各城的军队，以阿姆河为城壕，与蒙古军决战；或者退到忻都。”
伊剌克的长官们都请摩诃末到伊剌克集兵，卷土重来。摩诃末也有此打算，札兰丁持反对意见，他说：“最好的办法就是在呼罗珊地区把军队召集起来，去和蒙古人一决生死，而且我觉得这是可以办到的。如果父亲不赞成，要去伊剌克，那请把军队交给我，让我来夺取胜利。我们不应该成为众矢之的受人谴责，不应该让百姓戳着我们的脊梁骨说，我们以前只管向他们索取赋税，如今大难临头，却把他们抛弃了。”
摩诃末大吃一惊，想不到儿子居然有如此高尚的情怀，可他知道，这种高尚情怀与抵抗能力无关，他命令全军继续西撤。