第二，建立参谋部，参谋部由六人组成，称为“扯儿必”，他们由一名将军统帅，平常担任护卫，联络战事，传达命令，出谋划策，派部队作战。
第三，建立特种部队（巴特尔军），在战时用于关键时刻打硬仗、打恶仗的一支或数支部队，他们其实就是敢死队。
第四，建立护卫军（怯薛军），从军队中挑选力大无穷、忠贞不贰的人组成的军队，战时在铁木真前面列阵，平时则在铁木真帐篷前护卫。
第五，制定了“进如山桃皮丛，摆如海子样阵，攻如凿穿而战”[1]的军事原则。
为了在战场上快速有效地运用这条军事原则，铁木真又把军队分为前军、中军、左手军、右手军、殿后军五军之庄严阵式，由此把蒙古军改造成了一支高度集中统一、富有强大战斗力的军队。
1204年春末夏初，铁木真把整顿后的军队带到克鲁伦河下游，在一个酷热的日子，他举行了庄严的出征祭旗仪式。铁木真的出征祭旗仪式庄严而残忍：部队整顿完毕后，九名身着盔甲、背弓箭的勇士牵来九匹瘦马，分别拴在九个木桩上。铁木真则全副盔甲站在高大的可汗战车上。一阵震荡大地的号角声完毕，铁木真拔出佩剑，猛地向天一指，站在九匹马旁边的勇士用砍刀迅疾砍下半边马脸，九股马的鲜血犹如喷泉冲天而起。马上就有人象征性地来到每匹马前接一点马血涂抹到军旗上，祭旗仪式结束，军队出动。
铁木真大军沿着克鲁伦河逆河而上，浩浩荡荡向西进发。沿途芳草萋萋，百花点缀，淡紫色的百里香和洁白无瑕的繁缕向他们露出微笑。
铁木真出发的同时，汪古部已按约定从老营向西北进发，目的地是土拉河南岸，南乃蛮的南大门。
铁木真布局的同时，太阳汗也在布局。他集结了三倍于铁木真的精锐兵力，向东进发；另用一支偏师向东南各盆地推进，首先占领了军民便于协同作战和支援作战的有利地形。
两位草原世界的强人都感觉到了大战在即的天摇地动。
铁木真先采取行动，派出奸细到乃蛮部传播蒙古军的强大，动摇其军心，瓦解其意志。这些奸细在南乃蛮部信口开河道：“铁木真是少有的天才军事家；他是个智多星式的活阎王；他的部下都是地狱的使者，看你一眼就能让你的兵器落地，对你吼一声，你的人头就离开肩膀。”这些谣言在南乃蛮军中如瘟疫一样传播，军心摇晃，甚至连太阳汗本人都对这些话不寒而栗。心理战取得了预期的效果，铁木真命令前锋部队前进。
前锋部队指挥官哲别和忽必来马上出发，先派出数批小分队侦察，秋天黄叶飘零时，他们抵达太阳汗设置的前哨站。
哲别先对这个前哨站发动了侦察性攻击，太阳汗的军队勇猛反击，哲别命令后撤，敌人没有追击。他们捉到了一个蒙古军官，这名军官没有引起他们的注意，倒是他的坐骑让乃蛮人目瞪口呆。那是一匹耷拉着脑袋、肚子干瘪、可怜兮兮的瘦马，轻轻一推，就能倒地。