李鸿章自从签订《马关条约》之后，就成了千夫所指的对象。
这对李鸿章来讲并不惊讶，因为在《马关条约》签订之前，他一直就是人们攻击的对象，这些攻击，有来自政敌的，也有来自洋务派内部的。面对这些攻击，李鸿章很淡定，“千磨万击还坚劲，任尔东西南北风”。一个人面对各派势力的攻击仍岿然不动，当然这与他背后的支持力量是分不开的。李鸿章从来不缺反对者，但也从来不缺支持者，这是其屹立官场不倒的直接原因。
1900年元月，李鸿章在失意多年之后终于重获重用，当上了两广总督。他的东山再起，与慈禧太后要他前去镇压康、梁维新党人大有关系。
一月二十四日，清廷封时岁十五的端王载漪之子溥儁为皇子（大阿哥），史称“己亥建储”，这是顽固派欲废黜光绪的一种试探。消息一传出，全国舆论哗然，维新派康有为、梁启超作为光绪帝的支持者，更是加紧了在广东的活动，准备“武装勤王”。
作为两广总督的李鸿章，对康有为、梁启超一方面要求他们“奉职而行”，严禁其党羽在广东活动；另一方面又留有某种余地，不想与维新派彻底决裂。由于捉拿不到康有为、梁启超，慈禧恼羞成怒，严令李鸿章将康、梁在广东的祖坟铲平。在中国传统中，只有对罪大恶极、十恶不赦之人才“铲祖坟”。
所以他上奏说现在局面非常不稳定，“唯虑激则生变，铲平康坟，似宜稍缓”。但慈禧大怒，痛斥李鸿章“语殊失当，康逆罪大恶极，如真欲乘机起事，岂留一逆坟所能遏止。该署督身膺疆寄，唯当不动声色，力遏乱萌，傥或瞻顾彷徨，反张逆焰，唯李鸿章是问”。在慈禧的威逼下，李鸿章虽然不得不铲平康、梁祖坟，但暗中仍与康、梁有间接来往，互通信件。
维新派的变法主张，一直是李鸿章想做但没有做到的，李鸿章虽然不赞成维新派的做法，但对于他们的想法，则是双手赞成的。在某种意义上，他们是一条战线上的。
李鸿章与维新派的关系一直是“暧昧”的，但他与孙中山的关系，就比较清楚了。革命派中，对李鸿章寄予希望的，并非只有孙中山一人。早在1898年2月章太炎就上书李鸿章，企望他“转旋逆流”，并说“今世足以定天下者，无过相国”。及至1900年6月，面对北方变局，章太炎再次上书李鸿章，公然要求他据有两广宣布独立，以为东南各省督抚的表率。
义和团运动全面爆发后，社会动荡，朝政混乱，孙中山认为在华南起义时机到来。他在准备发动起义的同时首先想到李鸿章。一方面因为他一直认为李是清廷大员中最为开明的，因此长期对李抱有某种期待；另一方面因为一直与兴中会关系密切的香港立法局议员何启提出他与港督卜力（Henry A. Blake）交往非同一般，可以借港督之力劝李鸿章独立。他们先与李鸿章的心腹幕僚刘学询联系，刘学询立即捎信给孙中山，说李因北方拳乱也有广东独立的想法，所以请孙中山前来效力。