当同僚对他正式被任命为议和全权大臣表示祝贺时，他却十分淡然。他深知政治讲究的是实力而不是名分，如果朝廷政治格局不变，慈禧态度无根本性变化，自己其实只有全权之名而并无实权。此时，他不顾“龙颜”有可能“大怒”，多次递折要求慈禧彻底改变态度，一再向慈禧施压，要求一定要将外国驻华使节平安送出京城并且剿灭义和团，他还斗胆要朝廷下“罪己诏”。
当然，他丝毫没有反对慈禧之念，当有外国外交官对他透露各国公使有让慈禧归政光绪的打算时，他断然反对，并为慈禧开脱辩护：“太后训政两朝，削平大难，臣民爱戴，此次拳匪发难，只恐祸起腋肘，不得已徐图挽救。”
当时义和团仍在高潮，顽固派大臣对所有新派人物、大臣仍恨得咬牙切齿，他生怕此时进京自己会身首异处。这时，慈禧太后明显乱了方寸，政策非常矛盾。她一方面急盼李鸿章前来与洋人打交道，有求和之意，另一方面仍重用极端主战的顽固派大臣，态度似乎更趋强硬。
七月二十八日她将反对与列强盲目开战的大臣许景澄、袁昶处死，八月七日却正式任命李鸿章为全权大臣负责与各国外交部电商“停战”，八月十一日又将反对开战的大臣徐用仪、立山、联元处死。五大臣被处死，中外震惊，李鸿章在上海得此消息不禁哀叹“成何世界”！很可能，他为自己没有贸然北上感到庆幸，此时更明确表示哪怕被朝廷“严谴”，也不能北行。他在给朝廷的密折中明言了对朝政、对自己有可能被义和团和政敌打杀的担忧：
每读诏书，则国是未定，认贼作子，则人心未安。而臣客寄江南，手无一兵一旅，即使奔命赴阙，道途险阻，徒为乱臣贼子作菹醢之资，是以小作盘桓。
此时慈禧自顾不暇，所以李鸿章一直在上海“小作盘桓”，他在等待局面的根本性变化。八月十五日，八国联军攻占北京，慈禧仓皇出逃；8月20日朝廷以光绪皇帝名义发布“罪己诏”；朝廷的电报继续一封接一封地到达南方，要求李鸿章北上与攻打京城的洋人议和。与此同时，各地请求李鸿章北上“主持局面”的电报也如雪片一样飞来，一律声称只有他才能稳定大局。朝廷下诏，将李鸿章由两广总督重新调任为大清国封疆大臣中的最高职位——直隶总督兼北洋大臣。慈禧的一纸任命是：“着李鸿章为全权大臣。”
九月七日朝廷发布剿灭义和团的谕旨，称义和团“实为肇祸之由”，“非痛加铲除不可”；九月八日朝廷电旨再次表示“罪在朕躬，悔何可及”，几乎是央求李鸿章“即日进京，会商各使，迅速开议”，甚至低三下四宣示李鸿章此行“不特安危系之，抑且存亡系之，旋乾转坤，匪异人任。勉为其难，所厚望焉”。