1895年8月，维新派在北京组织强学会以推动维新，李鸿章对强学会的主张表示赞同，自愿捐金两千入会，但因此时他已名誉扫地而被拒。后来上海强学会成立并出版《强学报》，他又捐金一千表示支持。
虽然从思想观点上他非常同情、支持维新运动，但李鸿章知道维新运动牵扯到以光绪为首的“帝党”和以慈禧为首的“后党”之间的权力之争，而卷入其中的危险自不待言。
这一切，都使他在这一严重的政治危机、冲突中在不危及自身“政治安全”的情况下支持维新派，但更加小心谨慎地自保其位。他曾对一个外国人说过，现在权力在守旧派手中，所以“稍明新学”的官员要格外小心，不敢倡言新法，很难做成什么事。
从1895年“公车上书”起，经过几年的不懈努力，维新声势越来越大，康有为的变法主张终于打动光绪皇帝。光绪非常想破格召见康有为，但为守旧力量所阻，只得让总理衙门先传问康有为。1898年1月24日，翁同龢、李鸿章、荣禄、张荫桓等在总理衙门约见康有为。在长达几小时的会谈中，荣禄明确表示“祖宗之法不可变”，而李鸿章只在康有为说“宜变法律，官制为先”后追问了“然六部尽撤，则例尽弃乎”这一个问题。在这次约谈中，李只问此一个问题而未明确表态，可见其谨小慎微。
在政治上划清界限，在做法上倾力支持，这就是李鸿章对维新变法的态度。也是李鸿章危机中自保的办法。
1898年6月11日，光绪下诏明定国事，历史上的“百日维新”开始。16日光绪召见康有为，命在总理衙门章京上行走。康有为退下时途中遇到李鸿章，李的脸色大变，悄悄将荣禄参劾康有为、刚毅反对授官康有为之事告知他，意在要康留神。变法的各项措施如奖励工商等都是李鸿章多年主张的，其中将科举考试中的“八股”废掉改为策试，更得李鸿章赞赏。
维新派本想废科举办学堂，但考虑到如果这样做会遭到天下读书人的反对，所以妥协改为只是废八股，改为策试。李鸿章早就认为应该废科举，兴办学校，但他也深知其中艰难，所以维新派仅仅是改八股为策试使他兴奋不已。他曾对人说：“康有为吾不如也”，因为废八股“吾欲为数十年而不能，彼竟能之，吾深愧焉”。当然，这种赞赏都是私下的。当李鸿章听说废八股遭到许多读书人反对，甚至有人放风要刺杀康有为时，特派人前往康处，要康“养壮士，住深室，简出游以避之”；康有为奉命出京，李还“遣人慰行”，加以保护。
创办京师大学堂时，他曾劝奉旨管理大学堂事务的孙家鼐请康有为出任总教习，虽然此议未成，但对京师大学堂创办、发展起过重要作用的西学总教习美国人丁韪良则是因他与孙家鼐的力荐才就任的。丁韪良后来对人说：“戊戌举办的各种新政，唯设立大学堂一事，李鸿章认为最关重要，赞助甚力。”
改官制是维新的重要内容，“改官制”激起的反对最为强烈。李鸿章遵旨与其他大学士上了一折一片，这是他对“新政”的唯一折片，而且是与他人联名。此时新旧斗争已经白热化，李鸿章显然要回避巨大的政治风险。此折也颇为折中，一方面承认裁并官职是当务之急，另一方面又提出“事既更张，有同新创；其中头绪繁多，一切事宜，非仓促所能遽定”，“不致冒昧从事”，提出对裁并各员应“由吏部酌量分别补用，以免向隅”。