孰重孰轻，李鸿章自然明白。经过思量之后，李鸿章选择了拖延。
李鸿章之所以选择拖延，还有一个原因。
在1862年底，忠王李秀成回到南京以后，太平军和曾国荃之间的战斗打得非常激烈了。曾国荃感到他的力量不足，所以就给他哥哥曾国藩写信说，我原来的那个部下程学启现在给了李鸿章，能不能把他再调回给我，以解燃眉之急。曾国藩就给李鸿章写了信，叫李鸿章把程学启派到南京，帮助曾国荃。
当时程学启在李鸿章的手下非常受重用，而且程学启和曾国荃的关系又不好，所以程学启本人不愿意去，李鸿章也不愿意放掉这样一个得力的干将。尤其是刚刚在上海及上海周围站住脚，他更不愿意失去这样的干将。
所以，李鸿章上奏朝廷说这事不太好办。然后李鸿章给曾国荃写信，说程学启现在无法离开。
当时，李鸿章为了保证自己的实力，拼着与曾国藩撕破脸，拒不援助南京。当然，后来曾国藩原谅了李鸿章，但这件事毕竟让俩人心生芥蒂。这时，李鸿章如果贸然会攻南京，一旦处理不好，要么自己劳而无功，要么就是与曾国藩彻底决裂了，孰重孰轻，李鸿章心里自然清楚。
李鸿章在接到朝廷命令后，一直以种种理由迁延不前。李鸿章致函曾国藩，称自己的队伍疲惫，想休整一段时间。实际上，李鸿章是想给曾国荃预留充足的时间。朝廷见淮军迟迟未动，连降谕旨，敦促李鸿章火速调兵。
李鸿章只好借口生病回苏州，不久又提出部队要休整两个月才能再战，最后李鸿章实在拖不过去了，便灵机一动，出兵浙江，谎称要从湖州对南京形成包围。谁料此举惹恼了闽浙总督左宗棠，左宗棠急忙上奏朝廷，告李鸿章“越境掠功”。由此开始，左、李二人成了一辈子冤家。
倒是曾国藩理解李鸿章的用心，他为之辩护说：“李鸿章平日任事最勇，进兵最速，此次会攻南京，稍涉迟滞，盖绝无世俗避嫌之意，殆有让功之心，而不欲居其名。”因为湘军已将南京团团围住，曾国荃独占全功之心又切，不愿让他人分功。而曾国藩颇有为难之处，作为两江总督的他有责任命李鸿章速往，但如此一来又使胞弟大不满意。
李鸿章一拖再拖，实在是用心良苦，后来，连淮军将领都看不过去了，纷纷表达对李鸿章的不满。李鸿章只好再次给曾国荃写信，催促湘军加快攻城动作。到了夏天，朝廷又降谕旨，严令李鸿章派刘铭传等先锋火速驰往南京。
李鸿章无奈，只好派刘铭传、王永胜、刘士奇各率一万五千人前往，自己大队人马仍按兵不动。此时，曾国荃接到李鸿章调兵前来的消息后，几近疯狂，他将李鸿章告知的信件遍示诸将，说：“他人将要来了，难道我们苦苦攻了两年的成果将要拱手相让吗？”手下的将领果断表示：“愿尽死力。”当晚，通向南京城内的地道已经完工，次日，曾国荃部由地道炸塌太平门城垣二十余丈，攻下南京。