刘季述不仅对参与政变的将士大加赏赐，还为朝中百官加官晋爵，希图以此来收买人心。同时又大开杀戒，下令杀死睦王李倚，凡被唐昭宗宠信的宫人、侍臣、方士、僧侣、道人等，都用木棍打死。他还经常于夜间杀人，白天时用车子装满尸体运出宫外，以图震慑人心。刘季述等将要杀司天监胡秀林，秀林说：“军容使幽禁君父，还想要滥杀无辜吗！”刘季述畏惧他的刚正而停手。刘季述想要杀崔胤，但畏惧朱全忠，于是仅解除了崔胤的度支盐铁转运使而已。
（3）昭宗复位
刘季述等宦官的逆行激化了宦官与朝官两个集团之间的矛盾，当时有很多朝官都在四处联络，寻找杀掉刘季述的机会。崔胤也秘密联络朱全忠，劝他率军入京勤王。
刘季述也派养子刘希度前去宣读诏书，又许以高官厚禄来拉拢他。
崔胤认为此时王室衰微，正是建功立业的大好时机，如果能辅佐昭宗复位，正好可以挟天子以令诸侯。况且刘季述不过是个宦官，竟敢犯下废立天子的逆行，如果此时不去讨伐叛逆、拯救皇帝，日后又凭什么号令诸侯呢？朱全忠深以为是，于是下令将刘希度和李奉本抓起来投入监狱，同时派李振入京与崔胤联络。太子继位后，各藩镇都不愿服从他，连上奏的表牒也不再按时呈报了，而且中尉王仲先为人贪财好利，得知左右军的将士经常贪污舞弊，就对他们严刑拷打，逼他们交出财物，这也使得将士们人心惶惶。
当时，盐州雄毅军使孙德昭担任左神策指挥使，他常为刘季述的逆行愤恨不已，崔胤听说后，便派心腹石戬与之结交。石戬发现孙德昭每次喝醉后，都会哭泣不止，于是相信他是个正直的人，便对他说：“对于刘季述的恶行，朝中和民间都恨之入骨，将军若能杀掉刘季述、王仲先这两个反贼，迎太上皇复位，则不仅能得到荣华富贵，而且忠义不名也可流芳千古，您如果不早下决断的话，功劳就会被别人抢去了。”德昭表示愿以死效力，于是崔胤亲笔在衣带上书写命令，以坚定他的决心。孙德昭得到手书后，又联合了其他将领，于除夕夜里在交福门外埋下了伏兵。
天复元年（公元901年）正月初一，王仲先入朝，至安福门时被孙德昭捉住杀掉。德昭随后立即派人到少阳院叩门，大声喊叫，称反贼已经被杀掉，请陛下出来慰劳有功的将士。昭宗不知真假，竟不敢出来，直至献上王仲先首级，这才相信，于是从窗户里跳了出来。崔胤则亲自带领文武百官来到长乐门楼迎接昭宗。周承诲率领手下士兵捉住了刘季述、王彦范，还没有来得及审讯他们，二人已被愤怒的人们用棍棒活活打死了。另一个参与谋划叛乱的宦官薛齐畏罪跳井而死。于是昭宗下诏命令将四名叛乱首脑的全族及两千余名同党一起诛杀。又下昭赦免太子之罪，改封为德王。
正月初三，崔胤被提升为司徒，经过这场叛乱，昭宗对他更加宠信了。又升孙德昭为同平章事，赐名李德昭，周继诲、董彦弼亦因匡复之功被任为节度使，赐姓李。
崔胤、陆想谋得军权，于是劝昭宗说：“上次发生的叛乱，究其原因是因为宦官掌握了军权。请皇上将禁军交给我们二人，这样就根除了祸源，也可以震慑各藩镇，令他们不敢小瞧王室。”昭宗拿不定主意，便召集李继昭、李继诲、李彦弼商议，众人说：“我们世代都在军中任职，哪里有书生做军队主帅的道理呢？况且军队若改属南司控制，一定会有很多需要变动的地方，反而更麻烦。还是由北司掌管军队比较好。”于是昭宗对崔、陆二人说：“将士们不愿意受文臣的管辖，你们还是不要再勉强了。”
中书舍人令狐涣、给事中韩都参与了解救昭宗的行动，昭宗复位后，将他们升为翰林学士，经常以机密大事向他们垂询。当时，崔胤总理军国政务，昭宗常与他奏对到天黑掌灯的时候。宦官则十分惧怕崔胤，凡事都要先询问崔胤的意见再去办理。崔胤总想除掉所有的宦官，韩为此劝告他，说：“过犹不及，宦官是杀不完的，如果将他们逼得太狠，恐怕又会有变乱发生。”崔胤仍然一意孤行，坚持说要杀尽宦官。六月十七日，昭宗单独召见韩说：“宦官中没有几个好人，应该如何处置他们？”韩回答说：“上次叛乱时，如果严格追究的话，宦官们都是有罪的。然而即使要追究他们，也应该在诛杀刘季述等人的时候，现在已经失去惩罚他们的机会了。”昭宗说：“当时你也参与了此事，为什么不提醒崔胤多诛杀几个恶人呢？”韩回答说：“我见陛下的诏书说：‘除了刘季述等四个元凶外，其余的人一概赦免。’为君之道，信誉才是最重要的，既然已经说过这样的话，就应该严格去执行。否则即使是多杀一个人，也会使人心动荡。现在宦官始终不安分的原因就是因为陛下后来又杀掉了很多人啊。如今陛下不如将其中为首作恶的人挑出来杀掉，然后派忠厚安分的人做他们的统领，再向他们许诺不再杀人来使他们放心。如此赏善罚恶，不就可以相安无事了吗？何况如今有数万宦官存在于宫廷和私邸中，又哪里杀得尽呢？陛下应该以厚禄安抚他们，以大公无私的态度去驾驭他们，阴谋或机械的办法是成就不了大事业的。何况眼下最重要的事是收回分散在藩镇的权力，如果大权握在朝廷手中，就没有办不成的事情了。”昭宗从内心深处认为韩说的是对的，说：“这件事还是应该交给你办。”