努尔哈赤挥手道：“高第将兵马撤回关内，袁崇焕拒不从命，必定加紧备战，岂能叫他如此从容？兵法上说：出其不意，攻其不备。袁崇焕必想不到朕此时用兵围城，等他发觉，朕已兵临城下，他自然措手不及了。”众人见他执意要去，不敢再劝阻。
正月十五一过，努尔哈赤亲领大军十三万，号称二十万，浩浩荡荡，向宁远进发。大军剑戟如林，迤逦几十里，不见首尾。十六日到达东昌堡，十七日渡过辽河。
袁崇焕孤守宁远，对后金全神戒备防范，努尔哈赤大军出了沈阳城，过了东昌堡，他便已得到消息，撤回中左所、右屯等处的明兵；烧掉城外民房，将城外百姓全部迁入城里。右屯卫守城参将周守廉依照袁崇焕的将令，坚壁清野，焚烧房屋，运走谷物粮食，带领一千守军进驻宁远。后金兵马如入无人之境，兵不血刃，直扑宁远，二十三日将宁远城四面密密围住。
袁崇焕命总兵满桂守城东，副将左辅守城西，参将祖大寿守城南，副总兵朱梅守城北，通判金启倧负责供应饮食，自己居中调度，总督全局。他发檄令知会山海关的辽东总兵赵率教，一经发现宁远逃回的官兵，就地处斩，格杀勿论。他深知努尔哈赤善用奸计，抚顺、清河、开原、铁岭、沈阳、辽阳等城失守，莫不如此，命同知程维模稽查城内奸细。与众将商议，定下守城方略：凭坚城固守，敌诱不出城，据守城池，与敌周旋。部署完毕，袁崇焕下令封闭四门，然后与都督同知谢尚政、都司韩润昌、推官林翔凤、参谋守备黄又光几个平日结纳的同乡死士，微服上街，四处巡查。街上的军民行走匆匆，脸上多有惊恐之色，走到南街，见往日人流如潮的繁华景象早已不再，林立的店铺商号都已关门歇业，街上冷冷清清。他忽觉一阵凄凉，正想着如何收拾人心，使大伙儿安定下来，一心一意守城杀敌，别无其他的念头，却见沿街上的一座黑漆大门轰然洞开，几辆骡车外罩厚厚的青布大幔，从门里吆喝着出来，急急向南面的延辉门驰去，车厢中的人不住地呼喝车把式道：“快些走！若是迟了，城门关闭就再难出城了！”
袁崇焕疾步跟上，骡车离城门还有一箭之地，眼看那千斤的闸门缓缓落下，车把式大急，连连挥鞭抽打，喊道：“且慢关城门，我们还要出城呢！”车厢内的人早已掀开车幔，一起呼喊起来。