钱氏投降后，官礼部侍郎管秘书院事，充修明史副总裁。但在职仅六月，即以病为由辞归。那时他五十三岁。康熙三年卒，终年八十四岁。注视这一时间表，我意识到两点：一、钱氏抽身极早；二、他用剩下的绝大多数光阴证实并守住了气节。
他的告归，名为身疾，实出心病；这样的消息，可以透过归里后的诗作而看出。《有学集》有两首写给著名遗民林古度的诗：抗疏捐躯世所瞻，裳衣戌削貌清严。可知酌古陈同甫，应有承家郑所南。
文甫为人陈亮是，兴公作传水心同。永康不死临安在，千古江潮恨朔风。[30]
诗题《观闽中林初文孝廉画像读徐兴公传书断句诗二首示其子遗民古度》。初文是林古度之父林章的表字，嘉靖间抗倭志士。诗中，“陈同甫”和“永康”都是指南宋爱国者陈亮（他是永康人）；郑所南是南宋遗民，曾有诗句“此世只除君父外，不曾重受别人恩”；“水心”即南宋大儒叶适，他与陈亮为挚友并给他写了墓志铭，也是当时有力的主战者。抗倭、陈亮、郑所南、叶适……这样一些故事、英名布满诗行，所堆砌起来的是什么意象，不待明言。更况最后那句“千古江潮恨朔风”，“朔风”之指一目了然，“千古江潮”四字则道尽东晋以来长江所见证的一揽子历史，至于“恨”字，简直就溢于言表了。此诗之作，据编者目录所示，时间范围“起乙酉年，尽戊子年”，亦即最迟不超过1646年。
倘使诗篇由于用典的缘故，语意多少有些曲折，那么到了文章里，钱谦益的“立场”就彻底袒露无遗了。我们来看他为路振飞写的一篇纪念文章。据文首“故太傅路文贞公薨于粤。后十年，长子泽溥，迎柩来吴，葬洞庭之东山，属昆山归庄撰行状，请余书其墓隧之碑”，可知写作时间为1659年（路振飞卒于永历三年，即1649年）。路振飞以前我们多次提到，他在甲申国变至南都定策这段非常时期，扼淮阴要冲，整甲缮兵，保民全境，一切井井有条、气象甚严，但因忤犯马士英，被后者以其党田仰所代，弘光末，更遭到马党纠问，险兴狱；南京、杭州继失，他追随朱聿键于闽粤，1646年“道卒于顺德”。钱氏此文，对这位南明良臣极予褒扬，强烈突出“善类”之谊以及对立面“丑类”之恶，如云：当是时，阁部史可法以孤镇扬州，倚公为左右手。公每奏捷，阁部飞章亦至。士英忌滋甚。
而比之褒善贬恶，更惊人的是钱谦益毫不屑于隐讳他的明之遗民态度，对清朝军队公然以“北兵”相称，且全文一律奉明朝正朔。如曰：“乙酉八月，唐王即位于福州，改元隆武”；专门称颂路振飞“造隆武四年历，用文渊阁印颁行，所以系人心、存大统也”；对路振飞生卒年，则书为：“公生于万历庚寅九月二十五日，卒于永历三年己丑四月二十二日”，将清朝纪年彻底摒而不用。其果敢也若此！文章又特意记存、彰显路振飞的临终遗言：“生为明臣，没为明鬼。”复于末尾自称：“崇祯之终，永历之始。有臣一个，敬告青史。”而与传主求得完全的精神认同与共鸣。[31]