不管大计划可能包含多么深邃的智慧，执行大计划还有赖于无数个具体的决定。就军事政策而言。该计划在近期战备和未来作战力量之间确立的优先顺序体现在成百上千条不同的预算项目上；就保持何种部队的优先地位而言，它所带来的绝不仅仅是行政管理上的困难，因为各军兵种势必要抵制任何削减其力量而加强其他部队力量的计划。在军事方程式的输出一端必须在战区战略和战役层次上有远见地使用部队，为各个利害攸关的战区制定战区目标和统一的作战方法。在外交政策行动上，该计划的指导方针同样需要由负责外交、宣传、秘密行动和经济活动的独立机构详细制订并付诸实施。当战略目标与国内利益相抵触时，经济活动可能会遇到抵制，有时甚至失败。
即使不存在选举产生的议会对抗行政机构的意志和政府的大战略计划，即使政府外不存在任何能够向政府的政策挑战的利益集团，现代国家的多样化机构本身就是执行完整的大战略计划的强大阻力。每个民事和军事部门的设置都是为了追求自己明确的目标，而不是全面地，尽可能好地达成国家政策目标。无论是有意识的，还是无意识的，各部门的领导人一旦觉得该计划与其他机构的利益、惯例和愿望相抵触，他们就坚决抵制这个协调一致的计划。另外，直到那时，他们还缺乏该计划所要求的必不可少的技巧和手段。对于执行规范的大战略来说，现代化国家组织既是必要的工具，又是强大的阻力。
应用一般理论时需要审慎的第二个原因是实质性的而不是简单的程序性的问题。精心制定战略方案、使其大大优于实用主义的权宜之计，是一项难度很大的工作。通过对战略的五个层次和纵横向两个方面的剖析所揭示的反常逻辑的内在机制，我们自然可以看出仅在一个层次上作决定或无视其他方面的反应而制定单方面的政策都是错误的。但是，要避免这些问题而能动的运用一般战略理论就必须要在五个层次、两个方面同时探讨一个问题的全部有关内容。当付诸行动时，程序上的困难可能会造成决定中情况的失误和引起畸变。换句话说，应用理论所需要的详尽的决策程序和密切的政策协调都很可能发生失误。精心制定的战略方案在理论上具有优势，但在实践中这个优势就可能会丧失。正如在实际作战过程中，在理论上据有优势的复杂的机动作战计划执行起来会遇到重重阻力，以致于比简单的正面进攻还糟糕。
显而易见，当我们必须制定的是一次大战略的总体计划时，上述实质性问题的难度就会达到顶点。我们知道，在公共生活中经常听到呼吁要有一个“具有凝聚力“或“前后一致的“国家战略，这不仅毫无意义，而且确实容易引起误解。这些呼吁要求每个部门的政策都应在国家政策范围内紧密地协调一致。这从常识看是合乎逻辑的，但在战略范围内，只有那些似乎矛盾的政策才能避免反常逻辑的自取失败的影响。例如，当人们研究大战略计划时，取得一致意见，认为加强当前的战备是必要的(尽管军费不能增加)，结果只能以牺牲长期的武器研制，军事设施的建设等为代价来提高人员素质，增加库存品和加强训练。鉴于这种做法是牺牲了未来力量来加强现有力量的，那么这种军事政策必然要促使采取妥协性的外交政策，以至于采取和解的外交立场，限制敌对宣传和秘密行动，直至作出直接的让步来最终减少冲突的激烈程度。由于忽视了可变因素的影响，加强现存力量的一个“硬“军事政策就需要有一个“软“外交政策。因此，国家政策的总体行为似乎既缺乏凝聚力，也没有前后一致性，这恰恰是因为它在战略的纵横向两方面达到了和谐。
这个特定的例子表明，在国家的层次上战略行为所存在的另一个严重障碍是，民主政治领导人难以执行那些容易被认为是不合乎逻辑和自相矛盾的政策(就这个例子而言，通常也可能被指责为姑息养奸)。
一般来说，赢得公众对于反常逻辑政策的支持是困难的，因为要把反常逻辑政策解释清楚，不可避免地只有用违背常理之说。然而，这种困难并不是普遍存在的。专制政府就可以有意采取自相矛盾的政策，而不需作任何解释。它们可以一方面采取妥协性外交政策，甚至作出让步使敌人放松警惕，同时另一方面加强扩军备战。它们惯于声东击西甚至能够发起最大规模的突然进攻。当然民主政府也可以加强自己的军事力量，但不能予以掩饰，因为只有造成一种公众怀有恐惧心理或对外抱有敌对情绪的气氛时，才能证明作出这种牺牲是值得的；它们可以威胁其他国家，但只有在此举被公开认为合乎道理之后；如果它们发动进攻的话，也不能进行政治上的突然袭击。只有在发生危机、人民已准备进行战争的情况下，它们才能进行战术上的突袭。
然而，尽管在实际运用一般理论时会遇到种种困难、障碍阻力和政治上的分岐，但所有这些复杂情况丝毫不能降低一般理论的有效性或抑止它的应用。这些仅仅意味着，在各个层次上的战略行为如同进行战争和外交活动本身一样，总是困难重重的。无疑，在多数情况下，无论大事还是小事，(以制定战区战略和作战方法到研制具体的武器，从战术选择到外交政策的某些有争议方面的行为)，人们都能够、也应该克服所有的困难，以便按照战略逻辑办事，并获得较好的结局。