1861年4月，美国南北战争爆发。
到了10月，美国华盛顿的陆军长官，委托南丁格尔协助建设医院，照顾伤兵，所以她就把英国陆军的资料统计及其他相关记录寄到华盛顿。
她在1857年皇家调查委员会成立之前，也曾把这些资料寄给美国华盛顿护士会会长蒂斯克。同年她也收到英国陆军当局的紧急求助函。因为英国和美国北方各州的情势十分紧，因此政府就很快地把增援部队送到加拿大。12月3日，德格雷马上写信给南丁格尔，请教她有关运输军需物资和远征军卫生必需品的事情。
南丁格尔的身体更虚弱了，可是她却努力地强打起精神，重新作了各种企划，给远征军的将官作参考，而德格雷也转告她的企划案全部被采行。
她在确定输送的平均速度之后，就把到加拿大的远程距离，运送伤兵所需的时间加以计算：她把接力运送的方式，必要的中途基地应设在何处，还有每一处基地需要作何种准备，都具体计划。她处理事情细密周到的能力，依然没有削减。
她也不断修正军中运输的计划，提供意见，也不时地拿克里米亚战役中斯卡特里的情形督促他们。在艾伯特殿下的仲裁后，战事平息了，两周之后，殿下也因不治之症而去世了。战事虽然停止了，却由于一连串紧锣密鼓的工作，迫使南丁格尔不得不暂时忘记自己的健康而再度登上工作的岗位。
南丁格尔的身子愈来愈衰弱。
1861年的圣诞节前夕，她曾一度病危，数个礼拜之间，她在生死边缘挣扎。最后，她顽强的体质终于得到了意外的胜利。1月中旬，她已能够从床上起来了。
此后六年，她一直缠绵病榻，不出房间一步，就连搬家，也是别人搀扶着她。搬了家之后，她更看不见外面的世界。围绕着她的，只有四面墙壁。
为了使她有一个安静、舒畅、美丽、清雅的环境恢复身体的健康，大家都建议她住到李哈斯特或恩普利庄园等豪华住宅里，但她坚持要在伦敦市郊住旅馆或租赁房屋。
大概是为了工作上联络的方便，她才坚持不肯离开伦敦吧！
但是她又经常对旅社和租来的房子感到不满，在这种进退维谷的状况下，她只好经常搬家。
她曾在一年内换了四个住所，后来女王知道了，便希望她能搬到辛特骊宫里去，而巴尼大臣也愿意把位于伦敦南街的房子借给她。此后，她才停止迁移不定的生活，定居在这栋位于海德公园附近的住宅里。