地方政府虽然名义上服从中央，其实各自为政，为了争地盘，经常互相大打出手。蒙古那边也出现了问题，活佛呼图克图看到南北对立，居然公开宣布独立。沙俄率先承认蒙古独立，还出兵占领了新疆的伊犁。西藏那边也不安宁，英国以保护侨民为借口，派兵入驻西藏，暗中策划西藏分裂活动。
所以说，袁世凯面临的也是一个非常棘手的烂摊子，当上总统后，某种责任感让他道德有所提升。他是真的想把国家创建好，无奈事情并不如他想象的那么简单。用民主共和的方式管理中国让他感到心力交瘁。
首先要解决的是财政困难，袁世凯执政的头两年主要靠借外债过日子。
袁世凯当总统后，任命唐绍仪为总理，唐绍仪跟袁世凯的关系非常铁，袁世凯在朝鲜工作时，唐绍仪就是他的副手。也许是在袁世凯的授意下，唐绍仪加入了同盟会。唐绍仪跟孙中山的关系也不错，在孙中山制定的《临时约法》中，总理的权力甚至比总统还大。
这样一来，在实际工作中，袁世凯与唐绍仪时时发生冲突，向“六国银行“借款的事件最终引发了两人的矛盾。向人借钱是有求于人，六国银行开出的条件非常苛刻，唐绍仪受不了，拒绝向六国借款。
当时袁世凯非常缺钱，没钱的话政府就无法运作，所以袁世凯让财政总长熊希龄代替唐绍仪跟外国人交涉。唐绍仪加入同盟会后，同盟会就一直把唐绍仪看成是自己人。现在看到唐绍仪被人排挤，孙中山立即号召大家抗议，打着维护国家主权的口号，反对向外国人借款。
六国银行看中国人吵起来了，宣布无限期推迟贷款。袁世凯一看，着急了。
唐绍仪看事情搞砸了，主动向袁世凯提出辞职。袁世凯千方百计挽留他，唐绍仪准备留下来，最后还是因为党派之争辞去总理一职。
唐绍仪一走，立即引起了舆论的轩然大波。唐绍仪走后，袁世凯想让宋教仁出任总理，只可惜宋教仁是个理想主义者，让他当总理他还不乐意，他的理想是自己组织政党和内阁。
唐绍仪辞职不久，同盟会所有成员退出内阁，宋教仁辞去农林总长的职务，蔡元培辞去教育总长的职务。
看到大家这么不给自己面子，袁世凯很窝火，后来还是忍了，号召大家要以国家利益为重，不要纠结于党派的纷争。
在袁世凯的提议下，陆征祥当上总理，陆征祥曾经担任过外交公使，并非袁世凯的亲信。他当上总理，同盟会那边还能接受。总理确定后，袁世凯开始着手制定《中华民国国会组织法》，随后，便开始准备正式选举国家总统。