后一个问题首先得到了解决。伊丽莎白执政不久就通过了“至高权力与同一性法案“（1559年），确立英国圣公教为正式的英国宗教。这使温和的英国国教徒感到满意，然而清教徒想要进行一场更激进的改革。但是伊丽莎白在其整个统治期间使1559年的折中法案得到了坚决的贯彻执行。
苏格兰女王玛丽的处境使宗教形势复杂化了。玛丽被迫离开苏格兰，来到英格兰避难。在那里她很快就发现自己成了伊丽莎白的阶下囚。伊丽莎白没有采取武断行为。玛丽是罗马天主教徒，也完全有权继承英国王位。这意味着在叛乱或暗杀得逞的情况下，英国还会再有一个天主教女王。事实上在玛丽被监禁的19年期间，发生了几起反对伊丽莎白的阴谋，而且有大量的证据表明玛丽参与了这些阴谋。1587年玛丽终于被送上了断头台。伊丽莎白勉强在死刑执行书上签了字。她的大臣和大多数议员巴不得早就把玛丽处以死刑。
宗教斗争不可避免地给伊丽莎白带来了危险。1570年教皇庇护五世把她逐出教会，下令废除她的王位。1580年格列哥里教皇八世宣布暗杀伊丽莎白不算犯罪。但是形势也有对伊丽莎白有利的一面。她执政期间英国教徒总是担心天主教会在英格兰复辟，而伊丽莎白对此有所防御。这确实是她受广大教徒欢迎的主要原因。
伊丽莎白开展灵活多变的对外政策。1560年她缔结了爱丁堡条约，该条约提出了一个与苏格兰和平解决争端的办法。英国与法国的战争结束了，而且两国的关系也得到了改善。但是形势却迫使英国与西班牙发生了冲突。伊丽莎白企图避免战争，但是由于16世纪西班牙有好战的天主教势力，西班牙和新教徒的英国之间的战争大概是无法避免。发生在荷兰的一场反对西班牙统治的叛乱是起积极作用的一个因素。荷兰的叛乱分子大多数是新教徒，西班牙企图平息这场叛乱，于是伊丽莎白就对荷兰叛乱分子予以援助。伊丽莎白本人并不十分热衷于战争，但是大多数英国人以及她的大臣和议会倒比她更热衷于战争。因此当与西班牙的战争最终在16世纪80年代末期爆发时，英国人民是坚决支持伊丽莎白的。
伊丽莎白长年不断地发展英国海军。西班牙国王菲力普二世为了入侵英国迅速发展了一支庞大的海军舰队──无敌舰队。无敌舰队所拥有的舰只几乎和英国舰队相差无几，但是水兵的数目却比后者少得多；况且英国水兵训练有素，船只的质量较好，并拥有更多的火力装备。1588年双方进行的一场大规模海战，以无敌舰队的彻底失败而告终。英国的这场胜利牢固地树立起了作为世界头号海军大国的地位，直到20世纪它还保持着这种海上霸王的地位。
伊丽莎白总是勤俭持国。在她早期执政的岁月里，英国国王政府的财政状况很好。但是由于与西班牙战争耗资巨大，在她晚期执政的岁月里，国库状况不佳。但由于国王政府保持廉洁，整个国家还是比她登基时繁荣昌盛。