1512年佛罗伦萨共和国被推翻，麦第奇家族重新掌权，马基维利亚被解除公职。翌年他因被怀疑参与一次推翻新的麦第奇家族统治者的阴谋而被捕。他遭受了严刑拷打，但仍坚决声称自己无罪，同年则被释放。此后他在离佛罗伦萨不远的座落在圣卡西雅县的一个小庄园里隐居起来。
在随后的十四年中他写了几本书，其中最著名的两本是《君王论》（写于1513年）和《论泰特斯·利维尔斯的前十部书》。其它著作有《战争的艺术──一部佛罗伦萨史》和《曼德拉格拉》
（一部好戏，偶尔仍在上演）。但是他的成名主要靠《君王论》一书，该书在所有的哲学论著中可能是最杰出的并且无疑是最易懂的著作。马基维利亚结过婚，有六个孩子。他于1527年死去，终年五十八岁。
看来《君王论》被认为是一本向国家元首进谏的实用入门书。该书的基本观点认为一个君王要官运亨通，就应该丝毫不考虑道德问题，而要依靠势力和奸计。马基维利亚十分强调国家完备武装的重要性，认为这比什么都重要。他强调一个国家的军队若是从自己的公民中招募的，这样的军队才可靠；一个国家若靠雇拥军队或者靠外国军队，则必然会软弱无能，危机四伏。
马基维利亚劝告君王要赢得民众的支持，这样就可以消除一些难以避免的祸根。马基维利亚当然清楚一个新上任的统治者为了巩固自己的政权，必须得做些失悦于被统治者的事。但是他指出：“。……征服者在夺取国家权力的过程必须得顷刻用尽所有残暴的手断，以避免每日都使用这种手断……要逐渐提供福利待遇，这样可以使福利得以更充分的利用“。一个君王要官运不衰，周围必须得有才干杰出的忠臣；马基维利亚警告君王不要被阿谀奉承之徒所迷惑；并提出如何能够做到这一点的建议。
在《君王论》第十七章中；马基维利亚讨论了一个君王是可敬还是可畏的好：
回答是一个君王应该兼而有之，但是如果二者必居其一的话，那么可畏要比可敬安全得多……因为可敬只是为一条义务的绳索所维系，而人们是自私自利的，一旦当这条绳索成为他们个人目的的羁绊时，它就会被砸断；但是可畏却为一套惩罚的刑具所维系；这套刑具永远灵验。