结果，当英、法、美等国师中国科举美意，逐渐建立文官考试制度之时，中国的科举制变革却渐由“坐言“走向“起行“，至百日维新时几度颁下改制之谕而达到高潮。惟政变旋作，悉复旧制。迨庚子事变，中国创巨痛深，痛定思痛，厉行新政，首要的便是改科举。所以，甫入20世纪，在兴学堂的同时，科举改制再次启动。只是究竟如何改，关系国家民族的发展走向和千家万户的切实利益，既异常关键，又纷繁复杂。
两条脉络的科举改制
清季科举制变革，是内外诸多因素合力的结果。其中，作为改制方案的制定者和改制决策的参与者，若干实力督抚与朝内重臣的主张、运作和权力格局值得特别关注。既往研究更多侧重于督抚方面，在中枢、礼部、翰林院方面相对薄弱。
其实，从戊戌变法开始，科举制变革就包含两条相辅相成的改制脉络。一是科举考试新章脉络。从废八股文、试帖诗，改试中国政治史事论、各国政治艺学策、四书五经义入手，希望透过改内容、调场次、变文体等措施，注重中国“实学“，引入“西学“时务，拔取应时人才。二是从整饬翰林院到诏开进士馆的脉络。希望以速成之法，教科举已取之才。既令资深翰林群体研习经世实学，而自癸卯科会试开始，新科进士中的翰林、主事和中书须入京师大学堂特设的进士馆肄习法政、理财等新学，以期从科举精英中培训出略通西学时务的新政人才，同时引导士人学习风气向“实学“、“新学“转变。前一改制脉络旨在直接用所谓的“经世实学“取士，后一改制脉络则对已取之士再课以西学时务，两相配套，皆为解决科举为人诟病的学非所用、用非所学之弊。前者由督抚主动发起并竭力运作，而受到中枢、礼部的制约；后者因系科举改制在高层的推进，所以是由部分中枢大臣主动发起并积极促成的。
就辛丑科举新章来说，在改制之始，朝臣与督抚、京官与外官以及督抚之间颇有分歧，且一开始就与乡试、会试展期问题纠葛缠绕。1901年春夏，正在酝酿改科举的东南督抚刘坤一和张之洞，鉴于科举新章颇来不及在辛丑乡试中实施，担心再考八股旧科举，不仅会拖延落实作为新政首务的科举改章，甚至也会影响兴学堂等新政次第展开，故奏请辛丑乡试展期一年（乡试展期，会试自然延后）。与此同时，清廷高层希望通过尽快举行乡试以收庚子残局下的人心士心。王文韶、孙家鼐等重臣对刘坤一、张之洞一再奏请乡试展期大不以为然；张百熙甚至代表京官激烈陈奏，“诘责“刘、张。然而，在辛丑之际两宫西狩、东南互保的权力格局下，刘坤一、张之洞举足轻重，中央正深倚重。他们既对中枢重申己见，又向各省串联施压，坚持乡试展期。结果，经过多回合明争暗斗，最终辛丑年乡试或展或行，双方主张均未实现。但这加剧了中枢、礼部与东南督抚在科举议题上的分歧，并投射到了科举新章的制定出台上，直接影响了科举改章的内容和走向。
因此，虽然1901年七月清廷部分采纳《江楚会奏变法三折》之建议，下诏改科举、兴学堂。但是，科举详细章程的拟定和颁行充满争议。尽管刘坤一、张之洞屡次奏请乡试、会试采用分场去取之法，但中枢、礼部对科举大典的理解显然颇为不同，在稳定士心、三场平衡、可操作性等方面另有考量，终不松口，然又不能完全否决彼时权势煊赫的刘、张，故“两害相权取其轻“，议准其临时提出的废誊录主张，以为“补偿“。千年以来“无害于选才而有益于防弊“的糊名易书制度就此废除，给乡试、会试带来了严重恶果，与科举改制的初衷背道而驰。
进言之，张之洞辛丑年提出的科举新章是由其戊戌新章延续而来。但后者因有与康梁派竞争“学术霸权“的考量，所以不免炫博，以中体西用为标榜，号称熔科举、经济、学堂于一炉，实则求全求难，标置太高，未必适于改章之初的社会实情；虽曾颁行天下，却是在百日维新的特殊时期，未经广泛讨论就由光绪帝径自允准的。但正因曾经颁行，加以张之洞、刘坤一在辛丑时地位凸显，所以张之洞的科举方案自然占了上风，成为新政伊始科举改章的底本。虽然张之洞也意识到其戊戌新章规定二场考试声光化电太过“荒唐“，辛丑改章时将其删除，但其方案中头、二场论、策题量太多，内容偏难，颇有可议之处，四书五经既置于三场且题量甚少，自然又难免荒经之弊。但是，急于富强，不惜倡导西学皮毛亦可救国的张之洞，在辛丑时已有废科举、专重学堂之心，所以改科举方案只是过渡时期的权宜之计。因而就既未能跳出学堂、科举新旧势不两立的非黑即白式的认识局限，更未能站在更高的层面，深入理解科举对国家、社会与文化的意义，将制度设计斟酌妥当。
因此，1901年沈曾植的变法条议虽然作为《江楚会奏变法三折》的底稿，但其中更为稳健的不废八股，科举、学堂分途考试方案，却被刘坤一、张之洞舍弃。值得注意的是，沈曾植的科举、学堂分途考试的思路与其戊戌年为总理衙门拟定的经济常科方案一脉相承，意在保留科举旧法以安顿旧人，保持政局、人心的相对稳定，同时开辟新科举之途，为学堂“新学“学生谋出路。二者分途进行，两不相妨而相安，期望渐进地转移风气，实现新旧人才的稳妥交替，使中国的固有秩序、礼教、文化不致断裂崩溃。当年这一业经颁行的方案被康梁派急进的改科举行动所推翻；迨辛丑之际，又被同样急于效西法的张之洞所舍弃。其实，在未受庚子事变巨大刺激之前，作为旧学权威但颇为趋新的吴汝纶，就中学、西学，科举、学堂的分合问题，亦有类似的冷静思考。所以，戊戌至辛丑改科举的思路和方案还有更多选项，历史的复杂性和可能性显然超过我们既有认知。这也提示我们去探究影响国家民族前途和命运的重大决策是如何形成的，以及何以最终形成了如此局面。总之，变法改制既急切进行，决策高层又分歧巨大，群臣不能平心静气地从容探讨，将抡才大典斟酌至善，为国家策万全之安，而是权谋相加，轻变旧制。所以改制决策颇多可议，为此后的考试实践埋下了隐忧。