秦朝政权机构最高权力者为皇帝，皇帝下设三公（太尉，丞相，御史大夫）。
丞相下设中尉，九卿（卫尉，郎中令，太仆，廷尉，典客，奉常，宗正，少府，治粟内史）并管理下属各郡。
郡设郡尉，郡守，监察史。郡守管理下属各县。
县设县尉，县令，县丞。县令管下属各乡，乡下设游徼，三老，啬夫（管大乡），有秩（管小乡）。
三老管理下属各亭，亭设亭长。亭长管理下属各里，里设里长。
中央官制
秦朝中央官制的最大特征是皇权的至高无上。强大的君权以及对旧公族特权的不断削弱，也是秦国最后灭亡山东各国，统一中国的一个重要的原因。
秦王嬴政称始皇帝后，建立了由丞相、御史大夫、国尉、九卿等组成的中央政府，辅佐皇帝管理全**政事务。
丞相
最高的行政官，上承皇帝诏命，下统百官，总揽政务。掌金印紫绶（《汉书·百官公卿表》：“相国、丞相，皆秦官，金印紫绶，掌丞天子助理万机。”）。秦国丞相之设始于秦武王二年，是年设左、右丞相。秦昭王三十二年，改相国。秦王嬴政未亲政时，以吕不韦为相邦，并置丞相昌平君，其间或左右二相并置、或设独相、或称相国。秦始皇统一全国后，定制置丞相一人，以李斯为之，秦二世诛李斯后，以赵高为相，因其为阉人而称中丞相。秦制，出任丞相的人均受封侯爵。
御史大夫
秦创置御史大夫，掌监察百官，为副丞相。掌银印青绶（《汉书·百官公卿表上》：“御史大夫，秦官，位上卿，银印青绶，掌副丞相。”《通典·职官典二》：“秦无司空，置御史大夫以贰于相。”）。与战国时列国普遍设置的负责记录与档案管理的御史不同，秦国的御史专掌纠察百官，是中国古代专门监察官制度的发端。御史大夫属官有两丞，一为御史丞，为大夫之副；一为御史中丞。其中御史中丞因为统领侍御史和诸郡监御史，可以命令御史按章纠弹百官，权力尤重。
九卿
仰丞相政令，分掌国事。掌银印青绶。九卿之属有负责皇室事务的如奉常，有负责国家政务的如廷尉。
卫尉掌皇宫诸门屯兵。属官一公车司马令，凡吏民上书、四方贡献、朝廷征召等按法律要用公家车马，公车司马令即掌其事；属官二卫士令统领诸宫门卫兵。
郎中令掌殿中议论、宾赞、受奏事、宫廷宿卫之事（《秦会要》：及主诸郎之在殿中侍卫，故曰郎中令）。郎中令的属官有负责议论的大夫；负责宾客迎送、接受群臣奏事的谒者；供奉宫廷、等待受职的诸郎；以及期门、羽林等禁卫军。
大夫，为专门的谏议官，无定员，有谏议大夫、太中大夫、中大夫、谏大夫等各类官称（《齐职仪》：秦置谏议大夫，掌议论，无常员，多至数十人，属郎中令）。
谒者，掌殿廷朝会礼仪、接受臣民章奏。置七十人，秩六百石。秦朝的谒者也常常作为朝廷的专使出外处理临时公事。
郎，为待选之官，有评议国事的议郎，有陪侍皇帝车驾的中郎、侍郎等，无定员，除授常达千人之多。《汉书·百官公卿表》记载，议郎，中郎秩比六百石，侍郎秩比四百石，郎中秩比三百石。中郎分统于五官中郎将、左中郎将、右中郎将，郎中分统于车郎中将、户郎中将、骑郎中将。郎一般取自公卿等官僚子弟，一方面作为皇帝的扈从，一方面学习政务，是秦汉之际出仕的重要途径。
仆射，原为战车上的射手。秦朝则侍中、尚书、谒者、博士等官署皆置，为本署副长官，长官为令。《太平御览》卷二百零一：“秦汉之世，委政公卿，尚书之职，掌封奏，令赞文书，仆射主开闭，令不在，则仆射奏下其事。”
太仆本为周朝官职，秦朝沿置，掌皇家车马。赵高出任郎中令之前任此职。
廷尉最高司法官，属官有廷尉丞。廷尉署有狱，称廷尉狱，大臣有罪则下廷尉狱。
典客掌诸侯与少数民族部族首领朝觐事务、接待诸郡县上计吏。属官有行人，备临时差遣远方。
奉常掌宗庙祭祀礼仪（《通典·职官七》：“奉常，周为春官宗伯，掌邦礼，秦改奉常。”），银印青绶、秩中二千石（九卿皆同）。属官有负责宫廷音乐的太乐；负责太庙祭祀事务的太祝；负责皇帝饮食以及祭祀用食物供奉的太宰（与周朝的太宰不同）；负责管理巫医的太医；负责观察天时星象兼皇家史官的太史；负责应皇帝诏命进行卜筮太卜。
宗正又称宗令，掌皇族亲属及登记宗室谱牒。皇族宗室有罪，则绝其属籍。属官有宗正丞。
少府掌皇帝私产，照料皇帝日常生活起居。属官有：
御府令、御府丞，掌皇帝服饰织造与保管；
尚冠令、尚冠丞，掌皇帝各种礼服所需的皇冠；
尚衣令、尚衣丞，掌服侍皇帝更衣；
尚食令、尚食丞，掌服侍皇帝饮食；
尚沐令、尚沐丞，掌皇帝洗浴；
尚席令、尚席丞，掌皇帝就寝用具；
尚书令、尚书丞、尚书仆射，掌宫中文书发启、呈送皇帝；
太官令、太官丞，掌烹调皇帝饮食，主御膳食；
宦者令，掌宫中诸宦官；
中书谒者令、中书谒者丞，掌内宫导引、接待、典仪等，以宦官充；
太医令、太医丞，掌皇帝与后宫医药；
都水长、都水丞，掌诸郡县水利事务，在各重要水系都派驻官署；
乐府令、乐府丞，掌宫廷音乐的排练、演奏、整理，以及音乐艺人的管理；
永巷令，掌后宫宦官、宫女的生活，以及宫人犯罪的惩处。
少府的这些属官中，尚书、中书谒者两个官署对后世各个朝代的政制发展有深远的影响，其余诸“尚”后转为女官。
治粟内史掌诸谷物、金玉之贮，相当于国库司库。属官有太仓令、太仓丞，掌国库中粮食的贮存；有平准令、平准丞，掌京师及诸郡物价（《通典·职官八》）。
列卿
掌银印青绶。列卿之属有中尉、将作少府、典属国、内史、主爵中尉、詹事、将行。
中尉掌京师治安、兼管消防，是京城的卫戍长官。中尉署有丞、左右中侯、千牛等官佐。属官有武库令、武库丞，掌军器制造、贮存；有静室令，皇帝出巡时负责担任清道夫。
将作少府掌皇宫等公共建筑事务，本署有两丞，左右中侯。属官有石室令、东园主章令、主章长、左校令、右校令、前校令、后校令、中校令。石室掌建筑石料、东园主章令掌木匠、主章长掌伐大木、五校掌营建。五校所属多为刑徒。
典属国专掌召抚西南诸夷。
主爵中尉掌诸侯以下诸爵的封赠及宾客祭祀飨食等事务。